โดยกรุงเทพมหานครได้แจ้งเตือนให้สถานพยาบาลทุกแห่งในพื้นที่กรุงเทพมหานคร คัดกรองผู้ป่วยที่มีอาการ Influenza like illness (ILI) และมีประวัติการเดินจากพื้นที่เสี่ยง หรือสัมผัสผู้ป่วยตามแนวทางการเฝ้าระวังโรคทางเดินหายใจตะวันออกกลาง (MERS) รวมทั้งจัดทำแนวทางการวินิจฉัย การรักษาพยาบาล การควบคุมป้องกันโรค ดำเนินการจัดเตรียมวัสดุ อุปกรณ์ ชุดสำหรับป้องกันตนเอง และให้โรงพยาบาลสำนักการแพทย์เตรียมพร้อมห้องแยกสำหรับรองรับผู้ป่วยฯ
สำหรับการคัดกรองผู้ที่เดินทางกลับจากพื้นที่เสี่ยง ณ สนามบินสุวรรณภูมิ จะรับผิดชอบโดยด่านควบคุมโรคติดต่อระหว่างประเทศ กระทรวงสาธารณสุข ซึ่งดำเนินการลักษณะเดียวกับการกรณีอีโบลา ในส่วนของกรุงเทพมหานคร ปีที่ผ่านมาเฉพาะในพื้นที่กรุงเทพมหานคร มีผู้ที่เดินทางไปประกอบพิธีฮัจญ์ 1,000 กว่าคน กรุงเทพมหานครจึงได้รณรงค์ให้ความรู้แก่ประชาชนเรื่องการป้องกันตนเองสำหรับผู้ที่จะเดินทางไปพื้นที่ที่มีการระบาด โดยแจกแผ่นพับให้ความรู้แก่ผู้ที่จะเดินทางไปประกอบพิธีฮัจญ์ไปแล้ว เมื่อวันที่ 22 เม.ย.58 ซึ่งเป็นวันตรวจสุขภาพก่อนการเดินทาง รวมทั้งได้มีการแบ่งกลุ่มผู้ที่จะเดินทางไปประกอบพิธีฮัจญ์เป็น 3 กลุ่ม คือ กลุ่มที่มีโรคประจำตัวซึ่งมีความเสี่ยงมาก กลุ่มที่มีโรคบ้าง และกลุ่มที่ร่างกายแข็งแรง เพื่อเป็นข้อมูลในการตรวจติดตาม
นอกจากนี้ ได้กำชับให้สถานพยาบาลทุกแห่งในพื้นที่กรุงเทพมหานคร ได้มีมาตรการการคัดกรองผู้ป่วยที่มีอาการ Influenza like illness (ILI) ที่มีประวัติการเดินทางกลับจากพื้นที่เสี่ยง ผู้ที่มีความเสี่ยงสูงคือคนที่ใกล้ชิดผู้ป่วยในระยะ 1 เมตร รวมทั้งการคัดกรองผู้ป่วยในชุมชนด้วย โดยจากนี้ไปจะเริ่มจับตาในกลุ่มของแรงงานไทย นักเรียนที่ต้องเดินทางไปประเทศเสี่ยง รวมทั้งนักท่องเที่ยวซึ่งมาจากประเทศเสี่ยง และหากมีกรณีที่สงสัย จำมีทีมเฝ้าระวังสอบสวนเคลื่อนที่เร็ว (SRRT) 71 ทีมจะดำเนินการติดตามผู้ป่วยจนพ้นระยะ 14 วันที่ต้องเฝ้าระวัง
ทั้งนี้ ผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร ได้กำชับให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องหามาตรการดูและเฝ้าระวังสำหรับผู้ที่จะเดินทางไปแสวงบุญ ณ ประเทศตะวันออกกลางต่อเนื่องเป็นระยะเวลา 30 วัน อย่างไรก็ตาม เป็นห่วงผู้ป่วยที่ไม่รู้ตัวว่าติดเชื้อแล้วเดินทางไปท่องเที่ยวในสถานที่ท่องเที่ยวต่างๆ จะทำให้เชื้อแพร่กระจายได้ จึงได้มอบหมายให้สำนักอนามัยประสานให้ความรู้เกี่ยวกับโรค การป้องกัน และการสังเกตอาการของผู้ป่วยแก่สถานประกอบการ ผู้ประกอบการแหล่งท่องเที่ยวในพื้นที่กรุงเทพมหานคร เพื่อให้รับทราบและเข้าใจข้อมูลที่ถูกต้องในการดูแลบุคลากร และสถานประกอบการของตนเอง นอกจากนี้ได้มอบหมายหน่วยงานที่เกี่ยวข้องติดตามสถานการณ์โรค และรายงานต่อคณะผู้บริหารกรุงเทพมหานครอย่างต่อเนื่อง