สาเหตุที่ผู้ถูกฟ้องออกคำสั่งดังกล่าว เนื่องจากก่อนหน้านี้ผู้ถูกฟ้องโดยความเห็นชอบของคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) ได้ออกคำสั่งหัวหน้า คสช.ที่ 10/2558 เรื่อง การแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย ขาดการรายงาน และไร้การควบคุม ลงวันที่ 29 เมษายน 2558 เพื่อจัดตั้งศูนย์บัญชาการแก้ไขปัญหาการทำการประมงผิดกฎหมาย(ศปมผ.)ขึ้น และต่อมาได้รับรายงานจาก ศปมผ.ว่า ทรัพยากรสัตว์น้ำในน่านน้ำไทยมีแนวโน้มลดลงอย่างต่อเนื่อง อันเป็นผลมาจากการประทำประมงเกินศักย์การผลิตตามธรรมชาติที่จะทดแทนได้ หากปล่อยไว้เช่นนี้โดยไม่มีมาตรการจัดการที่ดีพอจะส่งผลให้กิจการประมงอยู่ในภาวะวิกฤต และส่งผลกระทบต่อความมั่นคงทางเศรษฐกิจของประเทศ ดังนั้นเพื่อให้จำนวนเรือประมงไทยอยุ่ในภาวะสมดุลกับปริมาณทรัพยากรสัตว์น้ำ และไม่ให้มีการใช้เครื่องมือที่เป็นการทำลายพันธุ์สัตว์น้ำอย่างร้ายแรง ผู้ถูกฟ้องจึงใช้อำนาจตามมาตรา 44 ออกคำสั่งมาบังคับใช้เพื่อแก้ปัญหาดังกล่าว
"บัญญัติให้คำสั่งเช่นว่านี้ถือเป็นคำสั่งที่ชอบด้วยกฎหมายและรัฐธรรมนูญนี้ และเป็นที่สุดแล้ว ศาลปกครองจึงไม่อาจรับคำฟ้องของผู้ฟ้องคดีไว้พิจารณาได้ จึงมีคำสั่งไม่รับคำฟ้องนี้ไว้พิจารณา และให้จำหน่ายคดีออกจากสารบบ" คำสั่งศาลปกครองกลาง ระบุ