ทั้งนี้ ได้กำหนดยุทธศาสตร์การปฏิรูประบบสุขภาพ 4 ประเด็นหลัก คือ 1.ระบบบริการ เน้นบูรณาการระดับปฐมภูมิ ทุติยภูมิ ตติยภูมิ ศูนย์ความเป็นเลิศ และระบบส่งต่อ และตั้งกลุ่มการดูแลปฐมภูมิ (primary care cluster)จังหวัดละ 1 กลุ่ม เน้นในพื้นที่เขตเมือง เพิ่มอัตรากำลังแพทย์เวชศาสตร์ครอบครัว พยาบาลวิชาชีพ ให้มีหมอครอบครัว 1 ทีม ต่อประชากร 10,000 คน
2.งานส่งเสริมสุขภาพ เพิ่มสัดส่วนงบประมาณด้านส่งเสริมสุขภาพป้องกันโรค เน้นสร้างเสริมสุขภาพในชุมชน โดยเพิ่มการลงทุนในมาตรการสร้างเสริมสุขภาพ ป้องกันและควบคุมโรคอย่างมีประสิทธิภาพและคุ้มค่า และมีระบบสนับสนุนที่ยั่งยืน จากร้อยละ 0.3 เป็นร้อยละ 1 ของผลิตภัณฑ์มวลรวมของประเทศ (GDP) และส่งเสริมให้มีงานส่งเสริมสุขภาพในทุกนโยบายของภาครัฐ
3.การเงินการคลัง เน้นความยั่งยืนของระบบ ให้ประเทศลงทุนได้ระยะยาว ป้องกันครัวเรือนไม่ให้ล้มละลายจากค่าใช่จ่ายสุขภาพมากเกินไป ใช้หลัก “ดี-ป่วย รวย-จน ช่วยกัน" โดยมีระบบสุขภาพที่ทำให้คนไทยมีสุขภาพดี เป็นธรรมและใช้ทรัพยากรอย่างคุ้มค่า
4.ระบบบริหารจัดการ ปรับโครงสร้างการบริหารงาน และพัฒนากลไกการทำงาน เช่น กำลังคน ความมั่นคงด้านยา เทคโนโลยีสารสนเทศ ระบบคุ้มครองผู้บริโภค โดยมีคณะกรรมการกำหนดนโยบายสุขภาพแห่งชาติ (National Health Policy Board) และคณะกรรมการสุขภาพในระดับเขต จังหวัด และอำเภอ สร้างระบบ e-Health ประชาชนเข้าถึงข้อมูลได้จากฐานเดียวอย่างมีประสิทธิภาพ ลดการพึ่งพาต่างประเทศ เพิ่มการเข้าถึงยาคนไทย ทั้งนี้ต้องอยู่ภายใต้การอภิบาลระบบสุขภาพที่ดี และการบริหารจัดการเป็นธรรม
ด้านนพ.โสภณ เมฆธน ปลัดกระทรวงสาธารณสุข กล่าวว่า ในปี 2559 ได้ตั้งเป้าหมายให้มีระบบสุขภาพระดับอำเภอ ที่เชื่อมโยงระบบบริการปฐมภูมิกับชุมชนและท้องถิ่นอย่างมีคุณภาพ 85% จากที่มีทั้งหมด 856 แห่ง โดยกำหนดให้พัฒนาใน 4 เรื่อง คือ 1.การพัฒนาตามหลักการดำเนินงานระบบสุขภาพระดับอำเภอ 2.ค้นหาและจัดการแก้ไขปัญหาสุขภาพตามบริบทของพื้นที่อย่างน้อย 3 เรื่อง 3.พัฒนางานตามนโยบายสำคัญของกระทรวงสาธารณสุข ได้แก่ การลดอุบัติเหตุ มีการกำหนดจุดเสี่ยง 1 จุดต่อ 1 อำเภอ มีคลินิกโรคไตเรื้อรัง คัดกรองและดูแลผู้ป่วยที่มีภาวะไตเสื่อม ระบบการดูแลผู้สูงอายุระยะยาว (Long Term Care) และ4.การดูแลกลุ่มผู้ที่มีภาวะพึ่งพิง ได้แก่ ผู้สูงอายุติดบ้าน-ติดเตียง ผู้พิการ ผู้ป่วยระยะสุดท้ายของชีวิต เด็กที่มีพัฒนาการล่าช้า มีทีมหมอครอบครัวดูแลอย่างน้อยร้อยละ 60 ผลการดำเนินงานในปี 2558 ที่ผ่านมา มีทีมหมอครอบครัวแล้ว 66,453 ทีม ดูแลผู้สูงอายุติดเตียง 87,500 คน ผู้พิการ 280,004 คน และผู้ป่วยระยะสุดท้าย 35,506 คน
ทั้งนี้ การบริหารจัดการระบบสุขภาพระดับอำเภอตามองค์ประกอบ UCARE คือ 1.การทำงานร่วมกันในระดับอำเภอ (Unity District Health Team) ของภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง 2.การมีส่วนร่วมของเครือข่ายและชุมชน (Community Participation) เน้นการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วนในระดับอำเภอ 3.การทำงานจนเกิดคุณค่า ทั้งกับผู้รับบริการและผู้ให้บริการเอง (Appreciation) ในการบริการปฐมภูมิ 4.การแบ่งปันทรัพยากร และการพัฒนาบุคลากร (Resource Sharing and Human Development) มาใช้ร่วมกัน ภายใต้การบริหารจัดการที่ดีในภารกิจทางสุขภาพ และ5.การให้บริการสุขภาพตามบริบทที่จำเป็น (Essential Care) ที่ตอบสนองต่อปัญหาในพื้นที่