นายกฤษฎา บุญราช ปลัดกระทรวงมหาดไทย (มท.) ออกหนังสือข้อสั่งการด่วนที่สุดไปยังผู้ว่าราชการจังหวัด นายอำเภอ และกำนัน ผู้ใหญ่บ้าน รวมทั้งผู้บริหารองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นทุกจังหวัด ให้เร่งชี้แจงทำความเข้าใจเกี่ยวกับนโยบายการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่ หลังมีจังหวัดที่ประสบปัญหาน้ำท่วมได้หารือมายังกระทรวงมหาดไทยถึงกรณีการปิด-เปิดประตูระบายน้ำ หรือการใช้เครื่องผลักดันน้ำออกจากพื้นที่ที่ถูกน้ำท่วมว่าจะสามารถผลักดันน้ำเข้าพื้นที่สาธารณะ หรือพื้นที่ที่มีการทำการเกษตรบางส่วนได้หรือไม่ เพื่อเป็นการรักษาพื้นที่เศรษฐกิจส่วนใหญ่หรือพื้นที่ที่มีประชาชนอาศัยอยู่หนาแน่น
โดยแนวทางปฏิบัติเรื่องการการบริหารจัดการน้ำในพื้นที่นั้นให้จังหวัดประสานงานกับหน่วยงานชลประทานในพื้นที่ และหน่วยงานที่เป็นตัวแทนกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ประจำจังหวัด (Single Command) ซึ่งเป็นหน่วยงานหลักในการดำเนินการ เนื่องจากเป็นหน่วยงานที่มีองค์ความรู้เรื่องน้ำมากกว่าหน่วยงานอื่นๆ
พร้อมกันนี้ให้นายอำเภอแจ้งองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น กำนัน ผู้ใหญ่บ้าน และส่วนราชการต่างๆ ในพื้นที่เป็นผู้สำรวจและแจ้งข้อมูลให้กับ Single Command เพื่อประกอบการพิจารณาว่าจะใช้พื้นที่ใดเป็นที่รับน้ำ หรือระบายน้ำไปกักเก็บไว้และพื้นที่ดังกล่าวมีการเพาะปลูกทำการเกษตรหรือไม่ หรือมีประชาชนอาศัยอยู่จำนวนเท่าใดที่จะได้รับผลกระทบจากการระบายน้ำดังกล่าวมากน้อยเพียงใด
หลังจากนั้นให้เร่งทำความเข้าใจสร้างการรับรู้ที่ถูกต้อง เมื่อมีการตกลงแล้วว่าจะผันน้ำหรือผลักดันน้ำเข้าพื้นที่ใด ขอให้จังหวัดจัดตั้งทีมบูรณาการประกอบด้วยส่วนราชการต่างๆ โดยมีฝ่ายปกครอง หรือ ปภ.เป็นฝ่ายเลขานุการ ร่วมกันออกไปชี้แจงทำความเข้าใจกับประชาชนในพื้นที่ให้ชัดเจนว่า ประชาชนที่เสียสละยินยอมให้พื้นที่ทำเป็นแหล่งกักเก็บน้ำหรือระบายน้ำนั้น จะได้รับการช่วยเหลือเยียวยาจากทางราชการอย่างไร
โดยหลักเกณฑ์การช่วยเหลือเกษตรกรต้องเป็นไปตามระเบียบและวิธีการเยียวยา โดยให้ผู้ว่าราชการจังหวัดมอบหมายให้หน่วยงานกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ประจำจังหวัดเป็นหน่วยงานหลักในการเสนอข้อมูลไปยังกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เพื่อพิจารณากำหนดเป็นนโยบายและแนวทางปฎิบัติให้ชัดเจนก่อนดำเนินการ
นอกจากนี้ให้ทำความเข้าใจนโยบายและโครงการสำคัญที่เกี่ยวข้องกับเกษตรกร เช่น นโยบายสนับสนุนให้เกษตรกรมาร่วมกันทำโครงการเกษตรแปลงใหญ่, โครงการบริหารจัดการพื้นที่เกษตรตามแผนที่เกษตรเชิงรุก (Zoning by Agri-Map) ซึ่งมีหลักการให้เกษตรกรเปลี่ยนการปลูกข้าวในพื้นที่ไม่เหมาะสมไปทำการกสิกรรมอย่างอื่นๆ ซึ่งกระทรวงเกษตรฯ มีมาตรการช่วยเหลือเกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการฯ