นพ.พิทักษ์พล บุณยมาลิก ผู้ช่วยปลัดกระทรวงสาธารณสุข ปฏิบัติหน้าที่ผู้อำนวยการกองเศรษฐกิจสุขภาพและหลักประกันสุขภาพ กล่าวว่า การกำหนดให้มีโรงพยาบาลในแต่ละพื้นที่ เป็นไปตามนโยบายหรือความต้องการของพื้นที่ เช่น ต้องมีโรงพยาบาลประจำจังหวัด โรงพยาบาลประจำอำเภอและโรงพยาบาลระดับตำบล ซึ่งโรงพยาบาลแต่ละขนาดจะมีค่าจ่ายใช้พื้นฐาน(FIXED COST) และบุคลากรตามกรอบอัตรากำลังที่เหมาะสม ที่ผ่านมากลไกการจ่ายเงิน ตามมาตรา 46(2) ของ พ.ร.บ.หลักประกันสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2545 ให้การผูกเงินเดือนกับงบดำเนินงานไปด้วยกัน โดยมีเหตุผลเพื่อต้องการกระจายบุคลากรและให้หน่วยบริการควบคุมค่าใช้จ่ายให้เหมาะสมกับรายได้ที่ได้รับนั้น
แต่จากการศึกษาที่ปรากฎพบว่า มาตรการดังกล่าวไม่ได้ผลเท่าที่ตั้งเป้าไว้ แต่ประเด็นที่มีประสิทธิภาพ คือ การควบคุมจากทางสธ. เรื่องโควต้าการบรรจุ และการอนุมัติการจ้างงานในปัจจุบัน แต่การผูกเงินเดือนไว้กับงบบริการนั้น ทำให้เกิดภาระของหน่วยบริการ พบว่าหลายแห่งมีเงินไม่เพียงพอที่จะซื้อเวชภัณฑ์ และจ่ายค่าใช้จ่ายในการดูแลรักษาตั้งแต่เริ่มต้น ต่ำที่สุด คือ ไม่มีรายได้เหลือเลย โดยมีหลายๆ แห่งได้รับผลกระทบเช่นนี้ เช่น รพ.เกาะกูด,รพ.เกาะพีพี,รพ.ท่าช้าง,รพ.วัดเพลง,รพ.ศรีสังวาลฯ, รพ.สิงห์บุรี, รพ.อินทร์บุรี หรือโรงพยาบาลที่มีศักยภาพสูงแต่อยู่ในพื้นที่ที่มีประชากรน้อย เช่น รพ.ระนอง, รพ.นภาลัย, รพ.ตะกั่วป่า,รพ.นครนายก,รพ.พระพุทธบาทฯ เป็นต้น
ปัญหาดังกล่าวส่งผลต่อการพัฒนาคุณภาพระบบบริการและไม่เป็นธรรมสำหรับประชาชนในพื้นที่นั้น แม้จะแก้ไขปัญหาโดยปรับเกลี่ยงบประมาณจากหน่วยงาน/หน่วยบริการอื่นๆ มาช่วยให้สามารถจัดบริการได้ แต่ในระยะยาวหน่วยบริการเหล่านี้ก็ไม่สามารถพ้นปัญหาไปได้
นอกจากนี้ การจัดสรรงบเหมาจ่ายรายหัวจำนวน 3,100 บาทต่อคนต่อปี ที่รัฐบาลจัดสรรให้รวม 1.7 แสนล้านบาท แบ่งเป็นงบส่งเสริมป้องกัน งบบริการผู้ป่วยนอก และงบบริการผู้ป่วยใน กระทรวงสาธารณสุขจึงได้รับงบประมาณประมาณ 1 แสนล้านบาท ส่วนที่เหลือสำนักงานหลักประกันสุขภาพแห่งชาติ (สปสช.) จัดสรรให้กับหน่วยงานนอกกระทรวงสาธารณสุข
ด้าน นพ.อนุกูล ไทยถานันดร์ ผู้อำนวยการโรงพยาบาลประจวบคีรีขันธ์ กล่าวว่า โรงพยาบาลประจวบคีรีขันธ์ มีค่าใช้จ่ายในการบริการผู้ป่วยจำนวน 50 ล้านบาท และต้องจัดสรรเงินให้โรงพยาบาลส่งเสริมสุขภาพตำบล 12 ล้านบาท รวมค่าใช้จ่ายทั้งหมด 62 ล้านบาท แต่ทางโรงพยาบาลได้รับงบบริการผู้ป่วยนอกจากสปสช. ปีละ 20 ล้านบาท ทำให้ 15 ปีที่ผ่านมา โรงพยาบาลประสบภาวะเงินบำรุงโรงพยาบาลลดลงกระทั่งปัจจุบันติดลบร่วม 200 ล้านบาท