อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันยังมีอุปสรรคต่างๆที่เกิดขึ้นในการลงทุนทำระบบพลังงานทดแทนดังกล่าว อย่างเช่น พลังงานไฟฟ้าจากขยะยังมีอุปสรรคเกี่ยวกับผังเมืองที่บางโซนไม่สามารถจะเข้าไปทำได้ และ Feed-in-Tariif ยังไม่เอื้ออำนวยต่อการพัฒนาโครงการ ส่วนพลังงานไฟฟ้าจากชีวมวลยังประสบปัญหาสายส่งไม่มีความเพียงพอ ทำให้เมื่อผลิตไฟฟ้าไปแล้วไม่สามารถส่งใฟฟ้าได้ และชีวมวลที่มีปัญหาเรื่องการจัดเก็บยากทำให้มีต้นทุนที่สูง อย่างเช่น ใบหรือยอดอ้อย ฟางข้าว ทางปาล์ม
ขณะที่พลังงานไฟฟ้าจากแสงอาทิตย์ ยังมีอุปสรรคด้านต้นทุนที่ยังอยู่ในระดับที่สูง และข้อจำกัดด้านเสถียรภาพและความน่าเชื่อถือ ส่วนพลังงานไฟฟ้าจากแสงอาทิตย์ในส่วนของครัวเรือนในรูปแบบของ Solar Rooftop ตามความเห็นของภาคครัวเรือนที่อยากให้มีการเปิดเสรีนั้น ทางกรมฯ จะนำเรื่องเข้าหารือในการพิจารณาว่าจะมีความเป็นไปได้มากแค่ไหนในการเปิดเสรีในการให้ภาคครัวเรือนมีการทำ Solar Rooftop อย่างเสรี อย่างไรก็ตามการลงทุนพลังงานทดแทนในปัจจุบันได้มีการเปลี่ยนแปลงไปสู่รูปแบบของธุรกิจมากขึ้น ซึ่งทำให้การลงทุนมีความเสี่ยงตามไปด้วย
"ปัจจุบันนี้การลงทุนพลังงานทดแทนเริ่มเป็นธุรกิจมากขึ้นเรื่อยๆ ซึ่งแตกต่างจากเมื่อ 3-4 ปีก่อนมองว่าพลังงานทดแทนเป็นพลังงานสีเขียว ทำให้ปัจจุบันนี้จะลงทุนทำต้องใช้วิจารณญาณให้รอบคอบ มีการตรวจสอบข้อมูลต่างๆที่ดี ทุกคนอยากจะมาทำ ขณะนี้ภาพของพลังงานทดแทนมันก้าวข้ามไปเป็นเรื่องธุรกิจมากขึ้น ความเสี่ยงจากการลงทุนก็เพิ่มมากขึ้นเช่นกัน ทางเราเองก็อยากสนับสนุนการลงทุนเป็นตลาดเสรี แต่ต้องพิจารณากันอีกทีว่าจะสามารถทำได้มากแค่ไหน"นายธรรมยศ กล่าว
ทั้งนี้ ในเบื้องต้นภายในปี 2579 จะกำหนดให้มีจำนวนของหน่วยการผลิตไฟฟ้า (GWh) จากพลังงานทดแทนเข้าสู่ระบบ (Grid) 20%