ทั้งนี้ ประเด็นตามกรณีพิพาทผู้ฟ้องคดีฟ้องว่า ทอท.กับพวกรวม 6 รายไม่ได้กำหนดมาตรการคุ้มครองสิทธิของผู้ฟ้องคดีกับพวกรวม 545 ราย ซึ่งเป็นผู้ได้รับผลกระทบโดยตรงจากมลภาวะทางเสียงของเครื่องบิน อันเนื่องมาจากการเปิดใช้สนามบินสุวรรณภูมิ โดยมิได้เปิดโอกาสให้ประชาชนผู้มีส่วนได้เสียเข้าร่วมในการศึกษาหรือประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม ทั้งที่ผู้ฟ้องคดีกับพวกได้ร้องเรียนกรณีดังกล่าวไปยังหน่วยงานต่างๆแล้ว แต่ไม่ได้รับการแก้ไข เป็นเหตุให้ผู้ฟ้องคดีได้รับความเสียหาย
ศาลปกครองมีคำวินิจฉัยในประเด็นดังกล่าวสรุปได้ดังนี้ว่า โครงการพิพาทตามฟ้องนี้ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 6 (คณะรัฐมนตรี) ได้มีการอนุมัติให้ดำเนินโครงการไปแล้วตั้งแต่วันที่ 7 พฤษภาคม 2534 ก่อนประกาศกระทรวงวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม (ชื่อเดิม) เรื่องกำหนดประเภทและขนาดของโครงการหรือกิจการของส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ หรือเอกชนที่ต้องจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อม ลว.24 สิงหาคม 2535 และประกาศอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง มีผลบังคับใช้
กรณีจึงฟังได้ว่า ตามกฎหมายที่ใช้บังคับในขณะอนุมัติโครงการพิพาทมิได้กำหนดให้ต้องจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมแต่ประการใด ดังนั้น การจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมจะชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ย่อมไม่ใช่ประเด็นที่จะทำให้เกิดความไม่ชอบด้วยกฎหมาย นอกจากนี้ แม้ว่าต่อมา ทอท.ได้มีการจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมขึ้น และได้รับความเห็นชอบจากคณะกรรมการสิ่งแวดล้อมแห่งชาติ (ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5) ก็ตาม ผู้ฟ้องคดีทั้ง 25 รายก็มิได้โต้แย้งหรือคัดค้านการจัดทำรายงานฯในขั้นตอนต่างๆ แต่อย่างใด อีกทั้งผู้ฟ้องคดีก็รับในข้อเท็จจริงในคำฟ้องว่าการจัดทำรายงานฯ เป็นไปตามเงื่อนไขที่กำหนดไว้ในกฎหมายที่เกี่ยวข้องแล้ว
ส่วนกรณีที่ผู้ฟ้องคดีโต้แย้งว่า การจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบฯได้ดำเนินการโดยขาดการมีส่วนร่วมของประชาชนและผู้มีส่วนได้เสียไม่เป็นไปตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการรับฟังความคิดเห็นสาธารณะโดยวิธีประชาพิจารณ์ พ.ศ. 2539 นั้น ตามระเบียบดังกล่าวอันเป็นกฎหมายที่ใช้บังคับอยู่ขณะการจัดทำรายงานผลกระทบฯนั้น มิได้บังคับให้การดำเนินโครงการของรัฐจะต้องจัดให้มีการรับฟังความคิดเห็นสาธารณะโดยวิธีประชาพิจารณ์ แต่ขึ้นอยู่กับดุลพินิจของรัฐมนตรีสำหรับการดำเนินโครงการของราชการส่วนกลางหรือดุลพินิจของผู้ว่าราชการจังหวัดสำหรับการดำเนินโครงการของราชการส่วนภูมิภาคหรือราชการส่วนท้องถิ่น หรือผู้ว่าราชการกรุงเทพมหานคร สำหรับราชการกรุงเทพมหานคร ทั้งนี้ ตามข้อ 7 ข้อ 8 และข้อ 9 ของระเบียบดังกล่าว
ฉะนั้น การจัดให้มีการรับฟังความคิดเห็นโดยวิธีประชาพิจารณ์ โครงการก่อสร้างท่าอากาศยานสุวรรณภูมิของผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 หรือไม่ จึงเป็นเรื่องดุลพินิจของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงคมนาคมที่จะพิจารณา การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ดำเนินโครงการก่อสร้างท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ โดยมิได้มีการจัดทำประชาพิจารณ์ จึงมิได้ทำให้การให้ความเห็นชอบในการดำเนินโครงการก่อสร้างท่าอากาศยานสุวรรณภูมิไม่ชอบด้วยกฎหมาย
ส่วนระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการรับฟังความคิดเห็นของประชาชน พ.ศ. 2548 ที่ได้กำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการในการรับฟังความคิดเห็นของประชาชนมีผลบังคับใช้ เมื่อวันที่ 26 กันยายน 2548 ซึ่งเป็นระยะเวลาภายหลังจากที่ผู้ฟ้องคดีที่ 1 ได้เริ่มดำเนินโครงการท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ซึ่งข้อ 14 ของระเบียบเดียวกัน ซึ่งกำหนดว่า ระเบียบนี้ ไม่ใช้บังคับแก่ ฯลฯ (2) โครงการของรัฐที่เริ่มดำเนินการไปแล้วก่อนวันที่ระเบียบนี้มีผลใช้บังคับ ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 จึงไม่จำต้องนำโครงการท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ ไปดำเนินการรับฟังความเห็นของประชาชนแต่อย่างใด
ฉะนั้น การที่ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 5 มีมติในการประชุมครั้งที่ 4/2545 เมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2545 ให้ความเห็นชอบการจัดทำรายงานการวิเคราะห์ผลกระทบสิ่งแวดล้อมโครงการท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ และมีมติในการประชุมครั้งที่ 4/2548 เมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2548 ให้ความเห็นชอบกับรายงานการวิเคราะห์ฯดังกล่าว สืบเนื่องจากการเพิ่มจำนวนผู้โดยสารในปีที่เปิดดำเนินการ จึงมิได้เป็นมติที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายแต่อย่างใด ข้อกล่าวอ้างของผู้ฟ้องคดีจึงไม่อาจรับฟังได้