ศูนย์ประมวลวิเคราะห์สถานการณ์น้ำ กรมชลประทาน ชี้แจงถึงสาเหตุที่น้ำท่วมขังพื้นที่นาของเกษตรกรใน จ.พระนครศรีอยุธยาว่า ไม่เกี่ยวข้องกับปริมาณน้ำในคลองระพีพัฒน์และการทดลองการระบายน้ำของรัฐบาลแต่อย่างใด เนื่องจากทางโครงการฯ ได้ปรับลดการรับน้ำจากคลองระพีพัฒน์เข้าสู่คลองนครหลวงตั้งแต่วันที่ 22 สิงหาคม 2555 และได้หยุดรับน้ำเข้าคลองนครหลวงตั้งแต่วันที่ 30 สิงหาคมที่ผ่านมา เนื่องจากเข้าสู่ระยะเวลาเก็บเกี่ยวข้าวครั้งที่ 2 ของเกษตรกรแล้ว
สำหรับสาเหตุที่พื้นที่นาข้าวถูกน้ำท่วมนั้น เกิดจากสภาพพื้นที่ที่เป็นที่ลุ่มต่ำใกล้คลองธรรมชาติ อีกทั้งพื้นที่นาดังกล่าว ได้มีการทำนาล่าช้ากว่ากำหนด (กรมชลประทานได้กำหนดให้ทำนารอบที่ 2 ได้ตั้งแต่เดือนพฤษภาคม เพื่อให้เก็บเกี่ยวให้แล้วเสร็จภายในเดือนสิงหาคม) เนื่องจากมีปัญหาการขาดแคลนน้ำในช่วงต้นฤดูกาล จนทำให้การทำนารอบที่ 2 มาคาบเกี่ยวกับการทำนาปีข้าวขึ้นน้ำ(นาปีข้าวขึ้นน้ำ จะเริ่มทำการเพาะปลูกตั้งแต่เดือนกรกฎาคมถึงต้นเดือนมกราคม) ดังนั้น เมื่อโครงการฯได้ทำการปิดประตูระบายน้ำ เพื่อเก็บกักน้ำไว้ให้เกษตรกร ซึ่งส่วนใหญ่จะทำนาปีข้าวขึ้นน้ำ จึงไม่สามารถระบายน้ำได้โดยสะดวก ประกอบกับเกิดฝนตกหนักในพื้นที่อย่างต่อเนื่อง จึงทำให้เป็นสาเหตุให้เกิดน้ำท่วมในพื้นที่ดังกล่าว
อย่างไรก็ตาม เบื้องต้น ทางโครงการส่งน้ำและบำรุงรักษานครหลวงจะได้ประสานกับทางเกษตรกรที่ได้รับความเดือดร้อนจากภาวะน้ำท่วมขังที่นา และเกษตรกรผู้ที่ทำนาปีข้าวขึ้นน้ำ ให้มาประชุมปรึกษาหารือร่วมกัน เพื่อหาแนวทางในการแก้ไขปัญหาให้ทั้งสองฝ่ายอยู่ร่วมกันได้อย่างสันติต่อไป
อนึ่ง ในส่วนของการทดลองการปล่อยน้ำเข้าสู่ระบบคลองระบายน้ำของกรุงเทพมหานคร ในวันพรุ่งนี้(7 ก.ย.) กรมชลประทาน จะใช้น้ำจากระบบชลประทานที่มีอยู่ในพื้นที่ฝั่งตะวันออก ซึ่งเป็นปริมาณน้ำที่เพียงพอที่จะใช้ในการทดลองปล่อยน้ำดังกล่าว เช่นเดียวกับการทดลองปล่อยน้ำในพื้นที่ฝั่งตะวันตกเมื่อวันที่ 5 ก.ย. ที่ผ่านมา
ก่อนหน้านี้ มีข่าวว่า ชาวนาในตำบลบ้านสร้างและตำบลสามเรือน อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ได้รับความเดือดร้อนเนื่องจากพื้นที่นาถูกน้ำท่วมขัง จากน้ำในคลองระพีพัฒน์ที่รับน้ำมาจากเขื่อนพระรามหก ซึ่งเป็นเส้นทางปล่อยน้ำเข้ากรุงเทพมหานคร โดยชาวบ้านเชื่อว่าพื้นที่นาที่ถูกน้ำท่วม เกิดจากการทดลองการระบายน้ำ จนทำให้มีน้ำจำนวนมากไหลเข้าคลองระพีพัฒน์ เป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดน้ำท่วมที่นา และส่งผลให้ผลผลิตเสียหาย