พล.อ.อุดมเดช สีตบุตร รมช.กลาโหม กล่าวว่า พร้อมทำหน้าที่หัวหน้าคณะผู้แทนพิเศษรัฐบาล เพื่อแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ และเมื่อคำสั่งแต่งตั้งมีความชัดเจนแล้วก็จะประชุมแบ่งมอบงานให้ผู้แทนพิเศษทั้ง 12 คน โดยกรอบการทำงานจะเป็นไปตามคำสั่งหัวหน้า คสช.มาตรา 44 ซึ่งเน้นการประสานงานบูรณาการกับส่วนราชการต่างๆ โดยไม่ได้มีอำนาจหน้าที่สั่งการหน่วยงานใดในพื้นที่
นอกจากนี้การบริหารงานต่างๆ ของคณะผู้แทนพิเศษ ยังเน้นให้สอดคล้องกับกลุ่มงานแก้ปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ด้านต่างๆ และแผนงานในปีงบประมาณ 2560 ที่มีอยู่แล้ว
ขณะเดียวกันยังไม่ชัดเจนว่าจะใช้สถานที่ใด้เป็นที่ตั้งสำนักงานผู้แทนพิเศษรัฐบาล แต่แนวทางการทำงานจะเน้นลงพื้นที่เป็นหลัก เพื่อประสานการทำงานให้มีประสิทธิภาพ ส่วนภารกิจในฐานะรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงกลาโหม ก็ยังต้องรับผิดชอบอยู่