นายเอกนิติ นิติทัณฑ์ประภาศ อธิบดีกรมสรรพากร ระบุว่า ตามที่มีข่าวว่าประชาชนต้องแบกรับภาษีมูลค่าเพิ่ม จากการที่จะต้องถูกโรงพยาบาลเอกชนเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือกนั้น ขอชี้แจงว่าอาจจะเป็นการเข้าใจคลาดเคลื่อน ก่อให้เกิดความเข้าใจผิดกับสาธารณชน ทั้งนี้ มีข้อกำหนดตามมาตรา 81 (1) (ญ) แห่งประมวลรัษฎากร การให้บริการรักษาพยาบาลของสถานพยาบาลตามกฎหมายว่าด้วยสถานพยาบาลได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม
"ดังนั้นโรงพยาบาลเอกชนจึงได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่ม โรงพยาบาลเอกชนจึงไม่สามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือกที่ให้บริการแก่ประชาชนได้" อธิบดีกรมสรรพากรกล่าว
สำหรับผู้ประกอบการที่อยู่ในระบบภาษีมูลค่าเพิ่ม เมื่อมีภาษีซื้อที่เกิดจากต้นทุนการซื้อ สามารถนำมาขอคืนภาษีมูลค่าเพิ่มได้ตามปกติ ซึ่งกรมสรรพากร จะรีบดำเนินการคืนให้โดยรวดเร็ว สำหรับภาษีเงินได้นิติบุคคลของโรงพยาบาลเอกชน หากโรงพยาบาลเอกชนมีกำไรจากการประกอบการ ก็เป็นหน้าที่ปกติของผู้ประกอบการโรงพยาบาลเอกชน ที่จะต้องเสียภาษีเงินได้จากกำไรเช่นเดียวกับผู้ประกอบการอื่น ๆ