ศาลปกครองสูงสุดพิพากษากลับคำสั่งและคำพิพากษาของศาลปกครองกลาง โดยให้ยกคำขอให้พิจารณาคดีใหม่ของกรมควบคุมมลพิษและกระทรวงการคลัง พร้อมทั้งให้บังคับตามคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการกรณีข้อพิพาทโครงการบ่อบำบัดน้ำเสียคลองด่าน เนื่องจากเห็นว่าไม่มีพยานหลักฐานใหม่ตามที่กล่าวอ้าง
ที่ประชุมใหญ่ตุลาการศาลปกครองสูงสุดพิเคราะห์แล้วเห็นว่า ข้อเท็จจริงที่ปรากฏตามคำพิพากษาศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองและคำพิพากษาศาลแขวงดุสิตนั้น กรมควบคุมมลพิษได้เสนอต่อศาลปกครองมาแต่แรกในชั้นการพิจารณาคดีครั้งก่อน
โดยเฉพาะอย่างยิ่งในคดีของศาลแขวงดุสิตที่กรมควบคุมมลพิษเป็นโจทก์ยื่นฟ้องกิจการร่วมค้าเอ็นวีพีเอสเคจี ที่ 1 กับพวกรวม 19 คนเป็นจำเลย ข้อหาร่วมกันกระทำความผิดฐานฉ้อโกงในการทำสัญญาโครงการ ย่อมแสดงว่ากรมควบคุมมลพิษต้องมีพยานหลักฐานเพื่อสนับสนุนข้อกล่าวอ้างว่าสัญญาเกิดขึ้นจากการร่วมกันทุจริตทั้งฝ่ายเจ้าหน้าที่ของรัฐและกลุ่มเอกชนที่เกี่ยวข้องอยู่ก่อนแล้ว แต่ไม่นำเสนอเข้ามาในชั้นอนุญาโตตุลาการ หรือในการยื่นคำร้องขอเพิกถอนคำชี้ขาดของอนุญาโตตุลาการต่อศาลปกครอง กรณีจึงมิใช่พยานหลักฐานใหม่อันอาจทำให้ข้อเท็จจริงที่ฟังเป็นยุติแล้วนั้นเปลี่ยนแปลงไป
ส่วนคำพิพากษาศาลอาญาที่กรมควบคุมมลพิษอ้างเอกสารที่ยื่นส่งในชั้นสืบพยานและอ้างว่าศาลอาญามีคำพิพากษาว่าการกระทำของเจ้าหน้าที่ระดับสูงของกรมควบคุมมลพิษเป็นการกระทำโดยทุจริตและเอื้อประโยชน์ให้แก่กลุ่มเอกชนคู่สัญญาว่าเป็นพยานหลักฐานใหม่ประกอบการยื่นขอพิจารณาคดีใหม่นั้น ศาลปกครองสูงสุดเห็นว่าคำพิพากษาดังกล่าวเป็นการที่ศาลนำบทบัญญัติแห่งกฎหมายมาปรับกับข้อเท็จจริงในสำนวน คำพิพากษาดังกล่าวจึงไม่ใช่พยานหลักฐานใหม่
ส่วนข้อเท็จจริงในสำนวนคดีดังกล่าว เป็นข้อเท็จจริงสืบเนื่องมาจากรายงานการไต่สวนข้อเท็จจริงของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) ซึ่งกรมควบคุมมลพิษมีพยานหลักฐานเกี่ยวกับการทุจริตของข้าราชการของกรมควบคุมมลพิษและการเอื้อประโยชน์ของบุคคลที่เกี่ยวข้องกับโครงการจัดการน้ำเสียในเขตควบคุมมลพิษจังหวัดสมุทรปราการอยู่แล้วตั้งแต่ก่อนที่กิจการร่วมค้า เอ็นวีพีเอสเคจี จะยื่นข้อเรียกร้องต่อคณะอนุญาโตตุลาการ
และพยานหลักฐานที่ศาลอาญาได้รับไว้นั้นส่วนหนึ่งเป็นพยานหลักฐานเกี่ยวกับการดำเนินการเพื่อจัดให้มีการทำสัญญาซึ่งเป็นเอกสารที่มีขึ้นก่อนเริ่มต้นกระบวนการอนุญาโตตุลาการทั้งสิ้น และอีกส่วนหนึ่งเป็นพยานหลักฐานอันสืบเนื่องมาจากรายงานการไต่สวนข้อเท็จจริงของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ซึ่งเป็นพยานหลักฐานที่มีอยู่ในระหว่างการพิจารณาคดีของศาลปกครองชั้นต้นในคดีก่อนเช่นกัน
ดังนั้นพยานหลักฐานอันเกี่ยวกับการพิจารณาคดีอาญาของศาลอาญาที่กรมควบคุมมลพิษกล่าวอ้างเพื่อขอพิจารณาคดีใหม่ล้วนมีอยู่ก่อนแล้วในระหว่างการพิจารณาคดีครั้งก่อนทั้งสิ้น จึงมิใช่พยานหลักฐานใหม่อันอาจทำให้ข้อเท็จจริงที่ฟังเป็นยุติแล้วนั้นเปลี่ยนแปลงไปในสาระสำคัญ
ส่วนหนังสือที่สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน (ป.ป.ง.) ส่งถึงกรมควบคุมมลพิษแจ้งคำสั่งคณะกรรมการธุรกรรม เรื่องอายัดทรัพย์สินที่เกี่ยวกับการกระทำความผิดจำนวน 2 รายการ พร้อมดอกผล ซึ่งเป็นสิทธิเรียกร้องที่กรมควบคุมมลพิษต้องชำระให้แก่กิจการร่วมค้าเอ็นวีพีเอสเคจีไว้ชั่วคราวนั้น เป็นการกล่าวอ้างถึงการรับฟังข้อเท็จจริงและผลของคำพิพากษาศาลอาญา เพื่อประกอบการพิจารณาดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการฟอกเงินเท่านั้น จึงมิใช่พยานหลักฐานใหม่อันอาจทำให้ข้อเท็จจริงที่ฟังเป็นยุติแล้วนั้นเปลี่ยนแปลงไปในสาระสำคัญ
ส่วนที่อ้างในความไม่ชอบของคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการอันมีสาเหตุมาจากการขาดคุณสมบัติเรื่องความเป็นกลางของอนุญาโตตุลาการนั้น ศาลปกครองสูงสุดพิเคราะห์แล้วเห็นว่า การที่คณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้แต่งตั้งคณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีนายเสถียรเมื่อครั้งดำรงตำแหน่งประธานคณะกรรมการการท่าเรือกับพวก ทุจริตต่อหน้าที่หรือกระทำความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่อนุมัติให้แก้ไขสัญญาเช่าพื้นที่เพื่อดำเนินโครงการอู่เรือ บริเวณแหลมฉบัง และแจ้งข้อกล่าวหาให้นายเสถียรทราบในระหว่างกระบวนการอนุญาโตตุลาการ ไม่ใช่ข้อเท็จจริงที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินโครงการในคดีนี้ อีกทั้งยังเป็นคนละมูลเหตุพิพาทกับคดีนี้และมิใช่คู่กรณีเดียวกัน จึงไม่ใช่ข้อเท็จจริงซึ่งจะมีผลกระทบต่อความเป็นกลางของอนุญาโตตุลาการ และไม่ทำให้คุณสมบัติความเป็นกลางของนายเสถียรต้องเสียไป
เมื่อได้วินิจฉัยแล้วว่า พยานหลักฐานของกรมควบคุมมลพิษเป็นพยานหลักฐานที่ล้วนมีอยู่ก่อนแล้วในระหว่างการพิจารณาคดีครั้งก่อนและกรมควบคุมมลพิษได้รู้ถึงพยานหลักฐานดังกล่าวมาก่อนแล้วทั้งสิ้น และมิใช่กรณีที่คู่กรณีไม่อาจทราบถึงเหตุนั้นในการพิจารณาครั้งที่แล้วมา กรณีจึงมิใช่พยานหลักฐานใหม่อันอาจทำให้ข้อเท็จจริงที่ฟังเป็นยุติแล้วนั้นเปลี่ยนแปลงไปในสาระสำคัญ และข้อเท็จจริงที่กรมควบคุมมลพิษกล่าวอ้างมิใช่ข้อเท็จจริงใหม่ที่เปลี่ยนแปลงไปในสาระสำคัญ อันจะเป็นเหตุที่ขอให้ศาลปกครองพิจารณาพิพากษาคดีหรือมีคำสั่งชี้ขาดคดีปกครองนั้นใหม่ได้แล้วจึงไม่จำต้องวินิจฉัยในประเด็นอื่นและประเด็นระยะเวลาการยื่นคำขอให้พิจารณาพิพากษาคดีหรือมีคำสั่งใหม่อีก เพราะไม่ทำให้ผลแห่งคดีเปลี่ยนแปลงไป
ในส่วนของกระทรวงการคลังมิได้เป็นผู้ฟ้องคดีหรือผู้ถูกฟ้องคดีอันมีฐานะเป็นคู่กรณีตามคำพิพากษาศาลปกครอง ตลอดจนมิใช่คู่สัญญาตามสัญญาโครงการจัดการน้ำเสียในเขตควบคุมมลพิษ จังหวัดสมุทรปราการ ฝั่งตะวันออกและตะวันตก และไม่อยู่ในบังคับตามคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการ และคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุดย่อมมีผลผูกพันเฉพาะคู่กรณีในคดีเท่านั้น มิได้มีผลกระทบต่อสิทธิและหน้าที่ของกระทรวงการคลังที่จะมีผลทำให้เป็นบุคคลภายนอกผู้มีส่วนได้เสียหรืออาจถูกกระทบจากผลแห่งคดีดังกล่าวแต่อย่างใด กระทรวงการคลังจึงไม่มีสิทธิร้องขอให้พิจารณาคดีใหม่ได้