กระทรวงสาธารณสุขอินโดนีเซียได้ออกประกาศเตือนและใช้มาตรการป้องกัน เพื่อป้องกันไข้หวัดหมูในประเทศ หลังจากที่มีการระบาดของไข้หวัดหมูในเม็กซิโก และมีผู้ติดเชื้อในสหรัฐ พร้อมกับสั่งให้มีการรวบรวมข้อมูลทางด้านวิทยาศาสตร์ที่เกี่ยวกับไวรัส การประสานงานกับองค์การอนามัยโลก การออกจดหมายเตือน การประสานงานกับเจ้าหน้าที่การแพทย์ตามท่าเรือต่างๆทั่วประเทศ และการประสานงานกับหน่วยงานด้านการวิจัยสาธารณสุข ตลอดจนการประสานงานกันระหว่างกระทรวงเกษตรและกระทรวงต่างประเทศ
สำนักข่าวซินหัวรายงานว่า จันทรา โยคะ ผู้อำนวยการกองควบคุมโรคของกระทรวงสาธารณสุข กล่าวว่า เจ้าหน้าที่จะปฏิบัติตามมาตรการป้องกัน 6 ขั้นตอนดังกล่าวเพื่อรับมือกับภัยไข้หวัดใหญ่ที่ร้ายแรงนี้ โดยทั่วไป ผู้ป่วยจะมีอาการเหมือนผู้ป่วยไข้หวัดใหญ่ ไข้สูง ไอ อ่อนเพลีย และเจ็บคอ ตามมาด้วยอาเจียน และท้องเสีย
ไข้หวัดหมูเกิดขึ้นจากไวรัส H1N1 ซึ่งปกติมักจะมีสัตว์เป็นพาหะโดยเฉพาะสุกร และมีโอกาสที่จะมีการติดเชื้อจากคนสู่คน