ส่วนกองทัพก็มีท่าทีขัดเจนว่าไม่เห็นด้วย แต่ไม่สามารถให้ความเห็นได้เพราะทุกอย่างขึ้นอยู่กับรัฐบาลและข้อเสนอไม่ตรงกับเจตนารมณ์ พร้อมมองว่าการพูดคุยไม่ควรพูดคุยเฉพาะกลุ่มบีอาร์เอ็น เนื่องจากมีกลุ่มสหพันธ์นิสิตนักศึกษาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ซึ่งเป็นตัวแทนคนในพื้นที่ออกมาระบุว่าควรพูดคุยกับทุกกลุ่มอย่างเสมอภาค และหากเปิดโอกาสก็จะทำให้หลายกลุ่มมาเข้ามาร่วมพูดคุยได้
พล.อ.ยุทธศักดิ์ กล่าวว่า อยากเสนอให้ สมช.ตั้งคนที่เป็นมืออาชีพเชี่ยวชาญเรื่องการเจรจาเข้ามาอยู่ในทีมพูดคุย เพื่อการต่อรองหรือแก้ไขปัญหาเฉพาะหน้า และอยากให้ฝ่ายไทยเป็นผู้เสนอให้ทางกลุ่มบีอาร์เอ็นดำเนินการแก้ไขบ้าง อย่าปล่อยให้อีกฝ่ายตั้งเงื่อนไขหรือเสนอปัญหาแต่ฝ่ายเดียว ซึ่งจะต้องแสวงหาจุดร่วมในการสร้างสันติภาพให้เกิดขึ้นใน 3 จังหวัดชายเนภาคใต้
อย่างไรก็ตาม มองว่าการพูดคุยในครั้งนี้กับกลุ่มบีอาร์เอ็นยังไม่ถือว่าเป็นการเพลี่ยงพล้ำ