นายธงทอง จันทรางศุ ปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ในฐานะประธานคณะกรรมการพิจารณาคัดเลือกโครงการเพื่อออกแบบและก่อสร้างระบบการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำอย่างยั่งยืน และระบบแก้ไขปัญหาอุทกภัยของประเทศไทย เข้ารายงานคำสั่งศาลปกครอง ให้นายกรัฐมนตรีได้รับทราบทันที หลังศาลปกครองมีคำสั่งให้ กบอ.ทำประชาพิจารณ์ และสำรวจผลกระทบสิ่งแวดล้อม โครงการบริหารจัดการน้ำ วงเงิน 3.5 แสนล้านบาท
"รัฐบาลน้อมรับคำสั่งศาลปกครอง ส่วนจะมีการอุทธณ์คำสั่งหรือไม่ จะเรียกประชุมคณะทำงานด้านกฎหมายในวันพรุ่งนี้ เพื่อศึกษารายละเอียดคำสั่งของศาลปกครองอย่างละเอียดก่อนเสนอต่อ กบอ."นายธงทอง กล่าว
ส่วนคำสั่งศาลปกครองที่อ้างอิงตามบทบัญญัติรัฐธรรมนูญ ให้ไปดำเนินการตามมาตรา 57 วรรค 2 ต้องให้ประชาชนมีส่วนรวม นั้น รัฐบาลจะดำเนินงานต่อในเรื่องนี้ ขณะที่มาตรา 67 วรรค 2 ต้องประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อม ทางรัฐบาลขอศึกษาคำสั่งศาลและกฎหมายที่เกี่ยวกับสิ่งแวดล้อมก่อน
นายธงทอง ยังระบุว่า ตอนนี้ไม่สามารถประเมินว่าจะกระทบต่อแผนกู้เงิน ซึ่งต้องสอบถามจากทางกระทรวงการคลัง ส่วนจะกระทบต่อการเซ็นสัญญากับ 4 กลุ่มบริษัท ที่ประมูลโครงการบริหารจัดการน้ำ เนื่องจากยังไม่ได้ทำการเซ็นสัญญาหรือไม่นั้น นายธงทอง ยอมรับว่า อาจจะทำให้โครงการล่าช้าออกไป แต่ไม่ทราบว่าจะกี่ปี
อีกทั้ง เห็นว่าคำสั่งศาลปกครองไม่น่าจะทำให้ต้องล้มโครงการนี้ทั้งหมดเพราะยังมีบางโครงการที่สามารถดำเนินการต่อไปได้ เช่น การจัดทำคลังข้อมูลสิ่งแวดล้อม เป็นต้น
"(คำสั่งศาล)ไม่คิดว่าจะทำให้โครงการนี้ล้มพังพาบไป แต่ขอให้เดินหน้าทำให้สมบูรณ์"นายธงทอง กล่าว