"การที่คณะกรรมาธิการวิสามัญฯได้แก้ไขร่างพระราชบัญญัติฯ นี้ให้รวมถึงบุคคลอื่นนอกจากประชาชน จึงเป็นการแก้ไขเพิ่มเติมที่ขัดกับหลักการแห่งร่างพระราชบัญญัติฯ ที่ผ่านการพิจารณาของสภาผู้แทนราษฎรในวาระที่หนึ่ง อันเป็นการต้องห้ามตามข้อ 117 วรรคสามแห่งข้อบังคับการประชุมสภาผู้แทนราษฎร พ.ศ. 2551 ซึ่งทำให้กระบวนการตราพระราชบัญญัติฯ ดังกล่าวนี้ขัดหรือแย้งกับรัฐธรรมนูญ เพราะข้อบังคับการประชุมสภาผู้แทนราษฎรที่ห้ามมิให้การแก้ไขเพิ่มเติมร่างพระราชบัญญัติในวาระที่สองขัดกับหลักการแห่งร่างพระราชบัญญัตินั้นเป็นส่วนหนึ่งของรัฐธรรมนูญ"คณะนิติราษฎร์ ระบุ
นอกจากนั้น คณะนิติราษฎร์เห็นว่าร่าง พ.ร.บ.ฉบับนี้ยังมีปัญหาว่า การนิรโทษกรรมตามร่าง พ.ร.บ.ฉบับนี้ครอบคลุมไปถึงเจ้าหน้าที่ของรัฐทั้งหลายที่เกี่ยวข้องกับการสลายการชุมนุม นอกจากจะไม่เป็นธรรมต่อผู้สูญเสียในเหตุการณ์สลายการชุมนุมแล้ว ยังขัดต่อพันธกรณีระหว่างประเทศด้วย โดยเฉพาะอย่างยิ่งกติการะหว่างประเทศว่าด้วยสิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง (International Covenant on Civil and Political Rights : ICCPR)
อีกทั้ง การที่กำหนดยกเว้นไม่นิรโทษกรรมให้แก่บุคคลซึ่งกระทำความผิดตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 112 ถึงแม้ว่าการกระทำความผิดของบุคคลนั้นจะเป็นการกระทำที่เกี่ยวเนื่องกับการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมือง หรือความขัดแย้งทางการเมืองก็ตาม การบัญญัติกฎหมายในลักษณะเช่นนี้ย่อมขัดหรือแย้งกับหลักแห่งความเสมอภาคที่รับรองไว้ในรัฐธรรมนูญ มาตรา 30 และ เนื่องจากการนิรโทษกรรมในครั้งนี้ มีผลกับการกระทำความผิดที่เกิดขึ้นระหว่าง พ.ศ. 2547 ถึงวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2556 ซึ่งครอบคลุมเหตุการณ์จำนวนมาก มีบุคคลที่อาจได้รับประโยชน์หลายกลุ่มและอาจมีการวินิจฉัยไม่เป็นเอกภาพ ส่งผลให้เกิดความไม่เสมอภาคในชั้นของการบังคับใช้กฎหมาย
รวมทั้งแม้ว่ากระบวนการกล่าวหาบุคคลที่เกิดขึ้นโดยองค์กรหรือคณะบุคคลที่จัดตั้งขึ้นภายหลังการรัฐประหารอาจจะไม่ถูกต้องชอบธรรม แต่กฎหมายฉบับนี้มุ่งหมายนิรโทษกรรมให้แก่บุคคลที่กระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมือง หรือความขัดแย้งทางการเมือง ซึ่งมีสภาพและลักษณะของเรื่องแตกต่างกัน และประการสำคัญ ในสภาวการณ์ความขัดแย้งของสังคมขณะนี้ การเสนอให้นิรโทษกรรมแก่บุคคลดังกล่าวอาจเหนี่ยวรั้งให้การหาฉันทามติในการนิรโทษกรรมแก่ประชาชนเป็นไปอย่างล่าช้า หรือไม่อาจเกิดขึ้นได้เลย ทั้งนี้ การแก้ปัญหาความไม่เป็นธรรมให้กับบุคคลที่ได้รับผลร้ายจากการทำรัฐประหารสมควรกระทำด้วยการลบล้างผลพวงของรัฐประหารตามข้อเสนอของคณะนิติราษฎร์
คณะนิติราษฎร์ ยังมีข้อสังเกตว่า ร่างพ.ร.บ.ฉบับนี้กำหนดระยะเวลาเริ่มต้นของการนิรโทษกรรมไม่สอดคล้องกับบทบัญญัติที่ผ่านการรับหลักการในวาระที่หนึ่งที่ให้นิรโทษกรรมให้แก่การกระทำที่เกิดขึ้นตั้งแต่วันที่ 19 ก.ย.49 ถึง 10 พ.ค.54 การกำหนดระยะเวลาเริ่มต้นของการนิรโทษกรรมตั้งแต่ปี 47 อาจส่งผลให้มีเหตุการณ์หรือการกระทำความผิดบางอย่างที่ไม่สมควรได้รับการนิรโทษกรรม
และ ถึงแม้ว่าคณะนิติราษฎร์จะเห็นว่าบุคคลที่ถูกกล่าวหาหรือถูกพิพากษาว่ากระทำความผิดโดยองค์กรหรือคณะบุคคลที่จัดตั้งขึ้นภายหลังการรัฐประหาร มีความชอบธรรมอย่างเต็มที่ในการที่จะได้รับคืนทรัพย์สินที่ถูกยึดไปโดยกระบวนการทางกฎหมายที่เชื่อมโยงกับการทำรัฐประหาร แต่การที่จะได้รับคืนทรัพย์สินดังกล่าวนั้นควรจะต้องเป็นไปโดยหนทางของการลบล้างคำพิพากษาตามข้อเสนอของคณะนิติราษฎร์ว่าด้วยการลบล้างผลพวงรัฐประหาร มิใช่โดยการนิรโทษกรรมตามร่างพระราชบัญญัติฯ นี้
ดังนั้น คณะนิติราษฎร์จึงมีข้อเสนอแนวทางแก้ปัญหา ดังต่อไปนี้ คือ 1) ต้องแยกบุคคลซึ่งกระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง ตลอดจนบุคคลที่ไม่ได้เข้าร่วมชุมนุมทางการเมืองแต่กระทำความผิดโดยมีมูลเหตุเกี่ยวข้องหรือเกี่ยวเนื่องกับความขัดแย้งทางการเมือง ออกจากบุคคลที่ถูกกล่าวหาว่ากระทำความผิดโดยคณะบุคคลหรือองค์กรที่จัดตั้งขึ้นภายหลังการรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549
2) ให้ดำเนินการนิรโทษกรรมแก่บุคคลซึ่งกระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง ตลอดจนบุคคลที่ไม่ได้เข้าร่วมชุมนุมทางการเมืองแต่กระทำความผิดโดยมีมูลเหตุเกี่ยวข้องหรือเกี่ยวเนื่องกับความขัดแย้งทางการเมือง โดยไม่นิรโทษกรรมให้กับบรรดาเจ้าหน้าที่ของรัฐที่เกี่ยวข้องในเหตุการณ์ชุมนุมประท้วง ตลอดจนการสลายการชุมนุมไม่ว่าจะได้กระทำการในฐานะเป็นผู้สั่งการหรือผู้ปฏิบัติการ และไม่ว่าจะกระทำในขั้นตอนใด ๆ ทั้งนี้ ตามร่างรัฐธรรมนูญว่าด้วยนิรโทษกรรมและการขจัดความขัดแย้ง ที่คณะนิติราษฎร์ได้เคยเสนอไว้
3) สำหรับบุคคลที่ถูกกล่าวหาว่ากระทำความผิดโดยคณะบุคคลหรือองค์กรที่จัดตั้งขึ้นภายหลังการรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 ให้ลบล้างคำพิพากษา คำวินิจฉัย ตลอดจนการดำเนินกระบวนพิจารณาในทุกขั้นตอนที่เป็นผลสืบเนื่องมาจากการทำรัฐประหาร ทั้งนี้ ตามข้อเสนอของคณะนิติราษฎร์ว่าด้วยการลบล้างผลพวงรัฐประหาร
4) อย่างไรก็ตาม โดยเหตุที่ข้อเสนอของคณะนิติราษฎร์ ไม่ได้รับการพิจารณานำไปปฏิบัติจากผู้เกี่ยวข้อง ประกอบกับขณะนี้ร่างพระราชบัญญัติว่าด้วยการนิรโทษกรรมอยู่ในระหว่างการพิจารณาในวาระที่สองของสภาผู้แทนราษฎร เพื่อให้การนิรโทษกรรมแก่ประชาชนซึ่งกระทำความผิดหรือถูกกล่าวหาว่ากระทำความผิดอันเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมือง หรือความขัดแย้งทางการเมืองเป็นไปโดยรวดเร็วภายใต้ข้อจำกัดที่เป็นอยู่
คณะนิติราษฎร์จึงเสนอว่า เนื่องจากคณะกรรมาธิการวิสามัญฯ ได้แก้ไขเพิ่มเติมร่าง พ.ร.บ.จนขัดกับหลักการตามที่สภาผู้แทนราษฎรได้มีมติรับหลักการในวาระที่หนึ่ง ทำให้มีปัญหาความชอบด้วยรัฐธรรมนูญ ดังนั้น ร่าง พ.ร.บ.ฉบับของคณะกรรมาธิการวิสามัญฯ จึงไม่สามารถใช้เป็นฐานในการพิจารณาในวาระที่สองได้ จึงสมควรลงมติว่ากระบวนการตรา พ.ร.บ.ขัดกับข้อบังคับการประชุมสภาผู้แทนราษฎรข้อ 117 วรรคสาม เพื่อให้ร่าง พ.ร.บ.ดังกล่าวตกไป และ ให้สภาผู้แทนราษฎรมีมติยกเลิกคณะกรรมาธิการวิสามัญฯ ชุดเดิม และมีมติตั้งคณะกรรมาธิการเต็มสภาเพื่อเริ่มพิจารณาร่าง พ.ร.บ.ในวาระที่สองใหม่