พร้อมกันนี้ยังอนุมัติงบประมาณในการชดเชยส่วนต่างของอัตราดอกเบี้ยให้ธนาคารออมสินตามหลักเกณฑ์เดิม คือ คำนวณจากต้นทุนอัตราดอกเบี้ยเงินฝากประจำสูงสุด 12 เดือนของธนาคารออมสิน บวกค่าใช้จ่ายในการดำเนินงาน(ร้อยละ 0.98) หัก ผลตอบแทนที่ได้รับจากการให้สถาบันการเงินกู้เงินในอัตราดอกเบี้ยร้อยละ 0.01 ต่อปี ซึ่งปัจจุบันอัตราดอกเบี้ยเงินฝากเฉลี่ย 12 เดือนของธนาคารออมสิน อยู่ที่ร้อยละ 3 รวมเป็นวงเงินที่ขอรับการชดเชยจากรัฐบาลประมาณ 992.50 ล้านบาท ทั้งนี้ให้เบิกจ่ายตามที่เกิดขึ้นจริง
โครงการดังกล่าวได้ดำเนินการต่อเนื่องมาตั้งแต่ปี 2548 ในรูปแบบสินเชื่ออัตราดอกเบี้ยผ่อนปรน โดยช่วงปี 48-53 ดำเนินการโดยธนาคารแห่งประเทศไทย ซึ่งรัฐบาลไม่ต้องชดเชยแต่อย่างใด สำหรับในช่วงปี 53-56 ดำเนินการโดยธนาคารออมสิน ซึ่งรัฐบาลมีภาระต้องชดเชยส่วนต่างของอัตราดอกเบี้ย ทั้งนี้เพื่อบรรเทาภาระดอกเบี้ยให้กับผู้ประกอบกิจการเพื่อการสนับสนุนให้เกิดการค้าการลงทุนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ และป้องกันการเคลื่อนย้ายถิ่นฐานของประชากรบางส่วน