ขณะเดียวกันเมื่อย้อนกลับไปดูโครงการนี้ พบว่า ตั้งแต่เริ่มโครงการไม่มีการทำบัญชีโครงการอย่างเป็นระบบ และหากทำบัญชีอย่างเป็นรูปธรรมพบว่า รัฐบาลมีภาระที่ต้องจ่ายเงินให้ชาวนาถึง 124,000 ล้านบาท และคาดว่าในปีนี้รัฐบาลจะขายข้าวได้เพียง10,000-15,000 ล้านบาท นั่นหมายถึง รัฐบาลยังขาดเงินที่จะมาจ่ายชาวนาอีกนับแสนล้านบาท โดยรัฐบาลเตรียมหาเงินจากแหล่งต่างๆ มาหมุนเพื่อให้เกิดสภาพคล่อง หรือการชะลอการขอกู้เงินของรัฐวิสาหกิจ เพื่อเปิดทางให้ ธ.ก.ส.มีเม็ดเงินไปกู้ซึ่งพอจะทำให้หนี้โดยรวมของรัฐบาลไม่ใหญ่จนเกินไป
"ปัญหาจริงๆของโครงการรับจำนำข้าวมีมากกว่าเรื่องการขาดสภาพคล่อง ซึ่งถ้าหากทำบัญชีแล้วย้อนกลับไปดูผลการดำเนินการที่ผ่านมาตลอดฤดูกาลปี 2554-2556 รัฐบาลได้ซื้อข้าวจากชาวนาโดยจ่ายเงินไปแล้วจำนวน 700,000 ล้านบาท แต่ขายข้าวได้เพียง 150,000 ล้านบาท ซึ่งยังขาดเงิน 500,000 กว่าล้านบาท โดยในส่วนนี้รัฐบาลต้องไปกู้เพื่อมาถมส่วนต่างที่ขาดไปและเป็นการกู้จนเต็มวงเงินจนไม่สามารถทำได้อีก ซึ่งการดำเนินการในระยะ 2 ปีที่ผ่านมา พบว่าโครงการนี้มีรายจ่ายมหาศาล แต่กลับสวนทางกับรายรับที่มีไม่มาก รวมทั้งยังก่อให้เกิดผลเสียต่อเศรษฐกิจไทย ไล่เรียงตั้งแต่การใช้งบประมาณมหาศาล การทำลายตลาดข้าวจากการที่รัฐบาลกลายเป็นผู้ผูกขาดการซื้อ-ขายข้าว จนทำให้ตลาดการส่งออกข้าวไทยเสียหายไปด้วย และที่สำคัญโครงการนี้ไม่สามารถช่วยชาวนาได้อย่างยั่งยืน" นายสมเกียรติ กล่าว
นายอัมมาร สยามวาลา นักวิชาการเกียรติคุณ ทีดีอาร์ไอ ระบุว่า โครงการรับจำนำข้าวเป็นการคอร์รัปชั่นแบบมีใบเสร็จและเป็นกระบวนการคอร์รัปชั่นที่ใหญ่มาก โดยเฉพาะในกระบวนการขายข้าวในราคาที่ต่ำกว่าราคาตลาดและมีการออกใบเสร็จการขายโดยรัฐบาล ซึ่งโครงการนี้ถือเป็นหนึ่งในนโยบายประชานิยม (populism) ของพรรคการเมืองที่ใช้หาเสียงเพื่อหวังผลคะแนนเสียงประชาชนในระยะสั้น แต่ส่งผลกระทบต่อเศรษฐกิจในระยะยาว
ขณะนี้รัฐบาลตกอยู่ในภาวะตันในทุกๆด้าน ทั้งกฎหมายเลือกตั้งและไม่มีเงินที่จะมาจ่ายหนี้แก่ชาวนาหรือเรียกว่าเข้าตาจน แต่ไม่ได้หมายความว่ารัฐบาลจะอยู่ในภาวะล้มละลาย เนื่องจากรัฐบาลมีข้าวที่ขายไม่ออกซึ่งถือว่าเป็นทรัพย์สินมหาศาลในระยะสั้นที่สามารถนำมาแปลงเป็นเงินได้ แต่หากปล่อยทิ้งไว้ในระยะยาวรัฐบาลอาจล้มละลายได้เพราะข้าวที่เก็บในโกดังนานๆก็จะเสื่อมคุณภาพ ทางออกที่รัฐบาลสามารถทำได้ในขณะนี้คือการนำข้าวออกมาขาย เป็นอีกหนทางที่รัฐบาลจะมีเงินสดมาจ่ายหนี้สินให้ชาวนาในขณะนี้
นอกจากทางออกในการเทขายข้าวแล้ว นายอัมมาร ยังระบุอีกว่า หากคนของรัฐบาลยอมคายเงินคอร์รัปชั่นที่ดึงไปจากกระบวนการขายข้าวจำนวนหลายหมื่นล้านบาท เชื่อว่ารัฐบาลจะมีเงินสมทบอีกก้อนที่สามารถนำมาจ่ายหนี้แก่ชาวนาได้ และสิ่งที่รัฐบาลต้องทำในเวลานี้คือควรยกเลิกโครงการรับจำนำข้าวแล้วกลับไปสู่ระบบเดิมซึ่งจะช่วยลดกระบวนการคอร์รัปชั่น ไม่เช่นนั้นอาจนำมาซึ่งความหายนะได้
ด้านนายนิพนธ์ พัวพงศกร นักวิชาการเกียรติคุณ ทีดีอาร์ไอ กล่าวว่า หากรัฐบาลยังยืนกรานที่จะดำเนินโครงการรับจำนำข้าวอีก สถานะในการส่งออกข้าวของประเทศไทยจะตกต่ำ หนำซ้ำยังเป็นการกรุยทางให้เวียดนามและอินเดียครองแชมป์ในการส่งออกข้าวในตลาดโลกด้วย ขณะที่ผู้ส่งออกข้าวของไทยเริ่มผันตัวไปทำธุรกิจในต่างประเทศบ้างแล้ว ส่วนผลกระทบในประเทศที่กำลังประสบปัญหาในขณะนี้ คือ ชาวนายังไม่ได้เงิน ราคาข้าวตก แสดงให้เห็นถึงปัญหาการบริหารจัดการอย่างไม่มีระบบของรัฐบาล
ส่วนทางออกอีกทางของรัฐบาลในการหาเงินมาจ่ายหนี้สินนั้น นายนิพนธ์ เห็นด้วยกับแนวคิดของผู้นำเกษตรกรใน จ.พิจิตร นั่นคือ การให้ชาวนานำใบประทวนข้าวที่องค์การคลังสินค้า(อคส.)ออกให้เกษตรกรในโครงการรับจำนำข้าวเพื่อให้นำไปยื่นรับเงินจาก ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส.) ไปขอกู้เงินจากสถาบันการเงินอื่น ทั้งนี้รัฐบาลต้องไปขอร้องสถาบันการเงินให้เข้ามาช่วยเหลือ ซึ่งจะเป็นอีกวิธีที่ไม่ถือว่าผิดกฎหมายเลือกตั้งและกฎหมายรัฐธรรมนูญ เนื่องจากขณะนี้รัฐบาลกำลังอยู่ในสถานะรัฐบาลรักษาการณ์