อย่างไรก็ตาม การออกคำสั่งย้อนหลังดังกล่าวย่อมส่งผลกระทบต่อผู้ดำรงตำแหน่งเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติในช่วงเวลาที่ผ่านมา คือ พล.ต.อ.วิเชียร พจน์โพธิ์ศรี และโดยเฉพาะอย่างยิ่งผู้ดำรงตำแหน่งเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติคนปัจจุบัน คือ พล.ท.ภราดร พัฒนถาบุตร ซึ่งเป็นผู้มีความรู้ความสามารถ และเคยดำรงตำแหน่งรองเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ ก่อนที่จะถูกย้ายมาดำรงตำแหน่งที่ปรึกษานายกรัฐมนตรีฝ่ายข้าราชการประจำในสมัยรัฐบาลนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ซึ่งจะต้องพิจารณาย้าย พล.ท.ภราดร ให้ไปดำรงตำแหน่งที่เหมาะสม และไม่ขัดต่อกฎหมายที่เกี่ยวข้องเช่นกัน
ในการดำเนินการเพื่อให้เป็นไปตามคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุดดังกล่าว นอกจากจะต้องมีคำสั่งสำนักนายกรัฐมนตรีเพื่อยกเลิกคำสั่งเดิมที่ให้นายถวิล เปลี่ยนศรี มาปฏิบัติราชการสำนักนายกรัฐมนตรี และยกเลิกมติคณะรัฐมนตรีที่ให้โอนนายถวิล เปลี่ยนศรี มาดำรงตำแหน่งที่ปรึกษานายกรัฐมนตรีฝ่ายข้าราชการประจำแล้ว จะต้องดำเนินการแก้ไขคำสั่งต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง ไม่ว่าจะเป็นทั้งของ พล.ต.อ.วิเชียร พจน์โพธิ์ศรี, พล.ท.ภราดร พัฒนถาบุตร และนายถวิล เปลี่ยนศรี ทั้งนี้ เพื่อความรอบคอบจะได้หารือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเพื่อปฏิบัติให้ถูกต้องและเป็นไปตามคำพิพากษาต่อไป