การจัดส่วนงาน แบ่งเป็น 3 ระดับ คือ
1.ระดับนโยบาย ได้แก่
1.1.1 คณะรักษาความสงบแห่งชาติ ประกอบด้วย หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ รองหัวหน้าคณะ 4 ท่าน และเลขาธิการ 1 ท่าน
1.1.2 คณะที่ปรึกษาและประสานงานด้านความมั่นคง
2.ระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ ได้แก่
1.2.1 ฝ่ายความมั่นคง
1.2.2 ฝ่ายเศรษฐกิจ
1.2.3 ฝ่ายสังคมจิตวิทยา
1.2.4 ฝ่ายกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม
1.2.5 ฝ่ายกิจการพิเศษ
1.2.6 ส่วนงานขึ้นตรง หัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ
3.ระดับปฏิบัติ ได้แก่
1.3.1 กระทรวง ทบวง กรม และส่วนราชการที่ขึ้นตรงต่อหัวหน้าคณะฯ
1.3.2 กองกำลังรักษาความสงบเรียบร้อย
อำนาจหน้าที่
คณะรักษาความสงบแห่งชาติ มีหน้าที่กำหนดนโยบงายการบริหารราชการแผ่นดิน ทั้งนโยบายเฉพาะหน้า และนโยบายระยะยาว เพื่อให้ส่วนงานระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ และระดับปฏิบัตินำไปดำเนินการให้เป็นไปตามนโยบายที่กำหนดไว้ โดยมีคณะที่ปรึกษาและประสานงานด้านความมั่นคง ทำหน้าที่ให้คำแนะนำ
การแบ่งมอบความรับผิดชอบ แบ่งเป็น
1. สำนักเลขาธิการคณะรักษาความสงบแห่งชาติ มีพล.อ.อุดมเดช สีตบุตร เลขาธิการ คสช.เป็นผู้บังคับบัญชาสูงสุด โดยมีพล.ท.ชาตอุดม ติตถะสิริ รองเสนาธิการทหารบก เป็นรองเลขาธิการ คสช.
2. กองกำลังรักษาความสงบเรียบร้อย มีแม่ทัพภาคที่ 1 เป็นผู้บัญชาการกองกำลังรักษาความสงบเรียบร้อย
3. ฝ่ายความมั่นคง มีพล.อ.ธนะศักดิ์ ปฏิมาประกร รองหัวหน้าคสช. เป็นหัวหน้าฝ่ายความมั่นคง รับผิดชอบ 4 หน่วยงาน คือ กระทรวงกลาโหม, กระทรวงมหาดไทย, กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร, กระทรวงการต่างประเทศ
4. ฝ่ายสังคมจิตวิทยา มีพลเรือเอก ณรงค์ พิพัฒนาศัย รองหัวหน้า คสช. เป็นหัวหน้าฝ่ายสังคมจิตวิทยา รับผิดชอบ 7 หน่วยงาน คือ กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม, กระทรวงศึกษาธิการ, กระทรวงสาธารณสุข, กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี, กระทรวงวัฒนธรรม, กระทรวงพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์, กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา
5. ฝ่ายเศรษฐกิจ มีพล.อ.อ.ประจิน จั่นตอง รองหัวหน้าคสช. เป็นหัวหน้าฝ่ายเศรษฐกิจ รับผิดชอบ 7 หน่วยงาน คือ กระทรวงการคลัง, กระทรวงพาณิชย์, กระทรวงอุตสาหกรรม, กระทรวงเกษตรและสหกรณ์, กระทรวงพลังงาน, กระทรวงแรงงาน, กระทรวงคมนาคม
6. ฝ่ายกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม มีพล.อ.ไพบูลย์ คุ้มฉายา ผุ้ช่วยผู้บัญชาการทหารบก เป็นหัวหน้าฝ่ายกฎหมายและกระบวนการยุติธรรม รับผิดชอบ 3 หน่วยงาน คือ กระทรวงยุติธรรม, สำนักงานอัยการสูงสุด, สำนักงานป้องกันและปราบปรามการฟอกเงิน
7. ฝ่ายกิจการพิเศษ มีพล.ต.อ.อดุลย์ แสงสิงแก้ว รองหัวหน้า คสช. เป็นหัวหน้าฝ่ายกิจการพิเศษ รับผิดชอบ 20 หน่วยงาน คือ สำนักงานเลขาธิการนายกรัฐมนตรี, สำนักงานเลขาธิการคณะรัฐมนตรี, สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกา, สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน, สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ, สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาระบบราชการ, สำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี, กรมประชาสัมพันธ์, สำนักงานคณะกรรมการคุ้มครองผู้บริโภค, สำนักนายกรัฐมนตรี, สำนักราชเลขาธิการ, สำนักพระราชวัง, สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ, สำนักงานคณะกรรมการพิเศษเพื่อประสานงานในโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ, สำนักงานกองทุนสนับสนุนการวิจัย, ราชบัณฑิตยสถาน, สำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ, สำนักงานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎร, สำนักงานเลขาธิการวุฒิสภา, สำนักรับรองมาตรฐานและประเมิน
8. ส่วนงานขึ้นตรงกับหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ จำนวน 5 หน่วยงาน คือ กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร, สำนักงานตำรวจแห่งชาติ, สำนักงานสภาความมั่นคงแห่งชาติ, สำนักข่าวกรองแห่งชาติ, สำนักงบประมาณ