ในชั้นนี้ให้ไต่สวนพยานบุคคลที่เกี่ยวข้อง จำนวน 4 ราย ได้แก่ นายสมชาติ สร้อยทอง อธิบดีกรมการค้าภายใน, นายรังสรรค์ ศรีวรศาสตร์ ปลัดกระทรวงการคลัง, นายกุลิศ สมบัติศิริ ผู้ตรวจราชการกระทรวงการคลัง และ ผู้จัดการธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร หรือ ผู้แทน
นอกจากนั้น คณะกรรมการ ป.ป.ช. ยังเห็นควรให้ขยายผลในเรื่องดังกล่าว โดยจะดำเนินการตรวจสอบรายการทรัพย์สินและหนี้สินของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองที่เกี่ยวข้องในโครงการดังกล่าวตามอำนาจหน้าที่ต่อไป
ป.ป.ช.ระบุว่า เกี่ยวกับการดำเนินคดีอาญากรณีกล่าวหานางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีว่าปล่อยปละละเลยให้มีการทุจริตในโครงการรับจำนำข้าวและการระบายข้าวโดยเพิกเฉยไม่ระงับยับยั้งความเสียหายที่เกิดขึ้นแก่ทางราชการตามที่มีอำนาจหน้าที่ ซึ่งปรากฏข้อเท็จจริงจากการไต่สวนว่า การปิดบัญชีของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวของกระทรวงการคลัง ในครั้งที่ 3 มีผลขาดทุนเป็นจำนวนสูงถึง 3.3 แสนล้านบาท และยังมีข้อเท็จจริงเกี่ยวกับปริมาณข้าวจำนวน 2.98 ล้านตันที่ไม่สามารถนำเข้ามาสู่กระบวนการปิดบัญชีของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีดังกล่าวได้ เนื่องจากยังไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าจำนวนข้าวดังกล่าวมีอยู่จริงหรือไม่
ทั้งนี้ เมื่อพิจารณาประกอบกับข้อเท็จจริงตามรายงานข่าวของสื่อมวลชนกรณีผลการประชุมของ คณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) กับผู้บริหารระดับสูงกระทรวงการคลัง ปรากฏว่า คณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าว ซึ่งมีนายกุลิศ เป็นประธาน ได้ตรวจสอบผลการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวในช่วง 2 ปีกว่า (2554/2555, 2555/2556, 2556/2557) พบว่ามีผลขาดทุนสูงขึ้นกว่าเท่าตัว หรือขาดทุนกว่า 5 แสนล้านบาท เนื่องจากราคาขายต่ำกว่าราคาต้นทุน 1.5 หมื่นบาทต่อตัน
โดยคณะอนุกรรมการฯ ได้คำนวณต้นทุนข้าวเปลือกที่แปรสภาพเป็นข้าวสารไว้เฉลี่ยที่ราคา 2.3 หมื่นบาทต่อตัน ขณะที่กระทรวงพาณิชย์ขายข้าวไปที่ราคา 1.2-1.4 หมื่นบาทต่อตัน และเมื่อเป็นรัฐบาลรักษาการได้ขายข้าวไปด้วยราคาเพียงตันละ 8 พันบาทเท่านั้น ทำให้มีส่วนต่างราคาขายกับราคาต้นทุนสูงขึ้น ซึ่งทำให้โครงการรับจำนำข้าวขาดทุนเพิ่มขึ้นเป็นเกือบ 5 แสนล้านบาท
นอกจากนี้ ยังพบว่าข้าวสารหายไปจากสต๊อกอีกราว 2.8 ล้านตัน โดยปรากฏว่าในสต๊อกไม่มีข้าวอยู่จริง เป็นแค่ตัวเลขทางบัญชีเท่านั้น และยังพบว่ามีข้าวเสื่อมคุณภาพอีกจำนวนมากที่ยังรอให้เซอร์เวเยอร์ตีราคา ซึ่งหากมีการตีราคาแล้วคาดว่าจะทำให้ผลขาดทุนโครงการรับจำนำข้าวจะเพิ่มมากกว่า 5 แสนล้านบาท