ขณะเดียวกันยังบัญญัติให้ก่อนนำเรือประมงออกจากท่าเทียบเรือประมง เจ้าของเรือ หรือผู้ควบคุมเรือต้องนำเอกสารเกี่ยวกับทะเบียนเรือ ใบอนุญาตใช้เรือ ใบอนุญาตให้ทำการประมง จำนวนรายช่อและหนังสือคนประจำเรือ และหลักฐานเกี่ยวกับการจัดระบบความปลอดภัย สุขอนามัย และสวัสดิภาพในการทำงานของคนประจำเรือตามที่กำหนดในกฎกระทรวง ยื่นต่อพนักงานเจ้าหน้าที่ ณ ศูนย์ควบคุมการแจ้งเรือเข้าออก นอกจากนี้คนประจำเรือต้องมีหนังสือคนประจำเรือนตามกฎหมายว่าด้วยการเดินเรือในน่านน้ำไทย และในกรณีคนประจำเรือไม่มีสัญชาติไทย ต้องได้รับอนุญาตให้อยู่ราชอาณาจักรตามกฎหมายว่าด้วยคนเข้าเมืองและต้องได้รับใบอนุญาตให้ทำงานตามกฎหมายว่าด้วยการทำงานของคนต่างด้าว
นพ.เจตน์ ศิรธรานนท์ สมาชิก สนช. อภิปรายว่า การควบคุมการทำประมงให้ถูกกฎหมายจะต้องได้รับความร่วมมือจากหลายหน่วยงาน เช่น ตำรวจน้ำ กองทัพเรือ กระทรวงคมนาคม กระทรวงแรงงาน เป็นต้น แต่ใน พ.ร.ก.ได้กำหนดให้ รมว.เกษตรและสหกรณ์ เป็นรัฐมนตรีที่ทำหน้าที่รักษาการตาม พ.ร.ก.ฉบับนี้เพียงคนเดียว ซึ่งจะมีผลให้กรมประมงที่เป็นหน่วยงานในสังกัดของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์แบกรับภาระมากเกินไป
"ในยุคนี้การประสานงานและขอความร่วมมือระหว่างหน่วยงานอาจมีประสิทธิภาพ แต่ในอนาคตอาจจะมั่นใจได้อย่างไรการประสานงานจะมีประสิทธิภาพเหมือนในปัจจุบัน" นพ.เจตน์ กล่าว
ขณะที่ พล.อ.ฉัตรชัย สาริกัลยะ รมว.เกษตรและสหกรณ์ กล่าวว่า กฎหมายว่าด้วยการทำประมงของไทยในปัจจุบันยังไม่สามารถจัดการทำประมงที่ผิดกฎหมายได้อย่างมีประสิทธิภาพทำให้ไทยได้รับใบเหลืองจากหน่วยงานระหว่างประเทศ แม้ว่าก่อนหน้านี้ สนช.จะเห็นชอบกับ พ.ร.บ.การประมง พ.ศ.2558 ไปแล้ว แต่บทบัญญัติของ พ.ร.บ.ยังไม่เพียงพอต่อการแก้ไขปัญหาการทำประมงที่ผิดกฎหมาย ทำให้จำเป็นต้องออก พ.ร.ก.ฉบับนี้ออกมาเพื่อให้เกิดการแก้ไขปัญหาได้ทันกับสถานการณ์ ซึ่งหากประเทศไทยได้รับใบแดง จะทำให้การส่งออกสินค้าประมงไปยังสหภาพยุโรปของไทยได้รับผลกระทบและส่งผลต่อเศรษฐกิจของประเทศโดยรวม
รมว.เกษตรและสหกรณ์ กล่าวว่า เรื่องนี้ พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) ให้ความสำคัญเป็นอย่างมาก พร้อมกับได้ดำเนินการตั้งคณะทำงานพิเศษและนำข้อสังเกตุของสหภาพยุโรป(อียู) มาประมวลเพื่อนำไปสู่การแก้ไข ซึ่งเชื่อว่าจะเกิดการแก้ไขปัญหาได้อย่างมีประสิทธิภาพต่อไป