กระทรวงการต่างประเทศ ชี้แจงข้อเท็จจริงเกี่ยวกับการขึ้นศาลทหารของผู้ถูกกล่าวหาว่ากระทำความผิดในช่วงต้นของรัฐบาลคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ปี 2557 จนถึงวันที่ 12 กันยายน 2559 โดยระบุว่า ในการดำเนินคดีต่อบุคคลใดบุคคลหนึ่งในช่วงที่มีประกาศคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 37/2557 และ 38/2557 ให้การกระทำใดๆ ที่ขัดต่อประมวลกฎหมายอาญามาตราต่างๆ รวมทั้งมาตรา 116 และฐานอื่นตามมาตรา 189 ให้ถือเป็นประเภทคดีที่ต้องขึ้นศาลทหาร ซึ่งต่อมาคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 55/2559 ลงวันที่ 12 กันยายน 2559 ได้กำหนดให้การกระทำความผิดเหล่านี้โอนไปอยู่ในอำนาจของศาลยุติธรรม เว้นแต่เป็นการกระทำความผิดที่เกิดขึ้นก่อนวันดังกล่าวให้ยังคงอยู่ในอำนาจของศาลทหารต่อไป โดยผู้ต้องหาหรือจำเลยจะมีสิทธิมีทนายความและมีสิทธิอุทธรณ์ฎีกาต่อไปได้เหมือนคดีในศาลยุติธรรมทั่วไป อย่างไรก็ตาม หากบุคคลใดที่ต้องคดีติดใจสงสัยในอำนาจศาลก็ยังสามารถยื่นคำร้องต่อคณะกรรมการวินิจฉัยชี้ขาดอำนาจหน้าที่ระหว่างศาลซึ่งมีประธานศาลฎีกาเป็นประธานได้ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยมาตรา 192 เพื่อขอให้พิจารณาคดีในศาลยุติธรรม
สำหรับกรณีของนายธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจ กับพวกที่ถูกกล่าวหาว่า กระทำความผิดเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน 2558 (ก่อนคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติที่ 55/2559 วันที่ 12 กันยายน 2559) ด้วยข้อหากระทำผิดตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 116 และฐานอื่นตามมาตรา 189 จึงเข้าหลักเกณฑ์ข้างต้น
ทั้งนี้ การดำเนินคดีจะเป็นไปตามกฎหมายและหลักนิติธรรม โดยผู้ต้องหาหรือจำเลยล้วนมีสิทธิได้รับการพิจารณาโดยเปิดเผย เป็นธรรม รวดเร็ว และปราศจากอคติทั้งปวงภายใต้ระบบกฎหมายของประเทศที่มีมาช้านาน และได้รับการคุ้มครองตามมาตรฐานในรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทยทุกประการเช่นเดียวกับในนานาอารยประเทศทั้งหลาย
ทั้งนี้ ประเทศไทยมีระบบศาลทหารมานานแล้วเช่นเดียวกับอีกหลายประเทศในโลก เช่น อังกฤษ สหรัฐอเมริกา และนานาประเทศในทวีปยุโรป แม้การดำเนินการอาจมีความแตกต่างอยู่บ้าง ศาลทหารจึงมิใช่ศาลที่ตั้งขึ้นเพื่อมุ่งร้ายแก่บุคคลเป้าหมายเป็นพิเศษแต่อย่างใด ศาลทหารเป็นศาลที่อยู่ภายใต้ระบบศาลตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย สำหรับฉบับปัจจุบันได้บัญญัติรับรองไว้ในหมวด 10 ว่าด้วยศาล โดยแบ่งประเภทเป็นศาลยุติธรรม ศาลปกครอง และศาลทหาร ทั้งบัญญัติด้วยว่าการพิจารณาพิพากษาอรรถคดีของศาลทหารต้องดำเนินการให้เป็นไปตามกฎหมายและในพระปรมาภิไธยพระมหากษัตริย์ ทั้งต้องมีอิสระในการพิจารณาพิพากษาอรรถคดีตามรัฐธรรมนูญและกฎหมายให้เป็นไปโดยรวดเร็ว เป็นธรรม และปราศจากอคติทั้งปวง