โดยให้ รฟม.กู้เงินต่อจากกระทรวงการคลังในปีงบประมาณ 2556 ตาม พ.ร.บ.การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย พ.ศ.2543 มาตรา 75(3) สำหรับเป็นค่าก่อสร้างงานโยธา ค่าจ้างที่ปรึกษาบริหารโครงการ ค่าจ้างที่ปรึกษาควบคุมงานก่อสร้างงานโยธาและระบบรถไฟฟ้า โครงการรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงิน ช่วงหัวลำโพง-บางแค และช่วงบางซื่อ-ท่าพระ จำนวน 11,472.36 ล้านบาท และโครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว ช่วงแบริ่ง-สมุทรปราการ จำนวน 4,745.40 ล้านบาท โดยให้สำนักงบประมาณพิจารณาจัดสรรงบประมาณรายจ่ายประจำปีเป็นงบชำระหนี้ให้แก่ รฟม.เพื่อใช้ชำระหนี้คืนแก่แหล่งเงินกู้โดยตรงทั้งในส่วนเงินต้น ดอกเบี้ย และค่าใช้จ่ายอื่นที่เกี่ยวข้อง ตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กระทรวงการคลังจะได้ตกลงกับ รฟม.ต่อไป
นอกจากนี้ให้ รฟม.ดำเนินการปรับโครงสร้างหนี้เงินกู้ Japan International Cooperation Agency(JICA) สัญญาเลขที่ TXXI-4 และสัญญาเงินกู้เลขที่ TXXII-3 (Civil) โครงการรถไฟฟ้ามหานครสายเฉลิมรัชมงคล โดยการกู้เงินในประเทศตาม พ.ร.บ.การรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนแห่งประเทศไทย พ.ศ. 2543 มาตรา 75 (3)โดยกระทรวงการคลังจะเป็นผู้ดำเนินการกู้เงินและชำระหนี้แทน รฟม. และ รฟม.จะต้องลงนามในสัญญารับชำระหนี้แทนกับกระทรวงการคลังต่อไป โดยให้กระทรวงการคลังเป็นผู้พิจารณาความเหมาะสมของอัตราแลกเปลี่ยนและต้นทุนในการปรับโครงสร้างหนี้ และให้สำนักงบประมาณพิจารณาจัดสรรงบประมาณรายจ่ายประจำปีเป็นงบชำระหนี้ให้แก่ รฟม.เพื่อใช้ชำระคืนแก่แหล่งเงินกู้โดยตรงทั้งในส่วนเงินต้น ดอกเบี้ย และค่าใช้จ่ายอื่นที่เกี่ยวข้อง ตามหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขที่กระทรวงการคลังจะได้ดำเนินการกู้เงินให้ รฟม.ต่อไป