ส่วนช่วงมาบกะเบา-ชุมทางถนนจิระ ระยะทาง 132 กม., ช่วงนครปฐม-หัวหิน ระยะทาง 165 กม. และช่วงลพบุรี-ปากน้ำโพ ระยะทาง 148 กม. อยู่ระหว่างการพิจารณารายงานการศึกษาผลกระทบสิ่งแวดล้อม(EIA) ซึ่งตามแผนจะประกวดราคาในปี 2559 ซึ่งจะนำเสนอขออนุมัติคณะรัฐมนตรี(ครม.) เพื่อเปิดประกวดราคาคู่ขนานไปด้วยเพื่อเร่งรัดโครงการ
นอกจากนี้ยังมีโครงการก่อสร้างรถไฟทางคู่อีก 6 เส้นทาง ระยะทางรวม 1,349 กม. วงเงินกว่า 1 แสนล้านบาท ประกอบด้วย 1.ช่วงปากน้ำโพ-เด่นชัย ระยะทาง 258 กม. 2.ช่วงขอนแก่น-หนองคาย ระยะทาง 174 กม. 3.ช่วงหัวหิน-ประจวบคีรีขันธ์ ระยะทาง 90 กม. 4.ช่วงชุมทางถนนจิระ-อุบลราชธานี ระยะทาง 309 กม. 5.ช่วงชุมพร-สุราษฏร์ธานี ระยะทาง 167 กม. 6.ช่วง สุราษฏร์ธานี-หาดใหญ่-สงขลา ระยะทาง 324 กม. ซึ่งอยู่ระหว่างการศึกษา โดยทั้ง 6 เส้นทางดังกล่าว ร.ฟ.ท.จะเปิดให้เอกชนที่สนใจเข้ามาร่วมลงทุนในรูปแบบ PPP เพื่อลดภาระหนี้สาธารณะของภาครัฐ
ส่วนโครงการก่อสร้างรถไฟสายสีแดง ช่วงบางซื่อ-รังสิต สัญญาที่ 1(งานก่อสร้างสถานีกลางและศูนย์ซ่อมภาพรวมบำรุง) และสัญญาที่ 2( งานก่อสร้างทาง) ในภาพรวมมีความคืบหน้าประมาณ 40% ส่วนสัญญา 3(งานระบบไฟฟ้าและเครื่องกล รวมตู้รถไฟฟ้าบางซื่อ-รังสิต และบางซื่อ-ตลิ่งชัน) มูลค่า 27,926 ล้านบาท ล่าสุดได้สรุปผลการเจรจาราคากับกลุ่มกิจการร่วมค้า MHSC Consortium(บริษัท MITSUBISHI Heavy Industrial Ltd บริษัท Hitachi และ บริษัท Sumitomo Corporation) ที่ 32,399 ล้านบาท ซึ่งเกินกรอบวงเงินที่บอร์ด ร.ฟ.ท.ได้ขอปรับกรอบวงเงินใหม่ไว้ที่ 30,500 ล้านบาท ดังนั้นจะเสนอ ครม.เพื่อขอปรับเพิ่มกรอบวงเงินส่วนที่เกินดังกล่าว โดยจะเร่งสรุปและลงนามสัญญาภายในเดือน ธ.ค.นี้ คาดว่าจะเปิดเดินรถในปี 2561-2562
ด้านนายวุฒิชาติ กัลยาณมิตร ผู้ว่าการ ร.ฟ.ท.กล่าวว่า ได้สรุปแผนย้ายโรงงานมักกะสันออกจากพื้นที่ เพื่อส่งมอบที่ดิน 497 ไร่ ให้กระทรวงการคลัง ตามข้อตกลงชำระหนี้มูลค่ากว่า 6 หมื่นล้านบาทว่า จะใช้เงินดำเนินการย้ายโรงงานประมาณ 13,000 ล้านบาท ซึ่งจะต้องเจรจากับกระทรวงคลังให้ช่วยเหลือก่อนเพราะ ร.ฟ.ท.ไม่มีงบประมาณ คาดว่าจะรื้อย้ายแล้วเสร็จในปี 2563-2564
ปัจจุบัน ร.ฟ.ท.มีรายได้รวมเฉลี่ยประมาณ 10,000 ล้านบาท เป็นรายได้จากการขนส่งสินค้ากว่า 2,000 ล้านบาท, ผู้โดยสารประมาณ 3,600 ล้านบาท และรายได้จากที่ดินประมาณ 2,500 ล้านบาท ซึ่งปี 2559 คาดว่าจะมีรายได้เพิ่มจากที่ดินอีกประมาณ 1,000 ล้านบาท โดยจะเร่งโครงการรถไฟทางคู่ เพื่อเพิ่มโครงข่ายและขีดความสามารถในการขนส่งและโลจิสติกส์