โดยในส่วนของกระทรวงเกษตรฯ มีดำเนินการตามพิมพ์เขียว (Blueprint) ของทั้ง 3 ประชาคม คือ ประชาคมการเมืองและความมั่นคงอาเซียน ประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (AEC Blueprint) และประชาคมสังคมและวัฒนธรรม นอกจากนี้ กระทรวงเกษตรฯ ต้องบูรณาการงานกับหน่วยงานภายในประเทศ เพื่อให้สามารถดำเนินการตาม Blueprint ของแต่ละประชาคม
ในส่วนของ AEC Blueprint ซึ่งกระทรวงเกษตรฯ เป็นหน่วยงานรับผิดชอบหลักนั้น กระทรวงเกษตรฯ โดยสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ (มกอช.) ได้ร่วมกำหนดมาตรฐานอาเซียนในคณะทำงานภายใต้รัฐมนตรีอาเซียนด้านเกษตรและป่าไม้ อาทิ มาตรฐานพืชสวนและอาหาร มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ และค่าปริมาณสารพิษตกค้าง
และยังได้กำหนดมาตรฐานของอาเซียนภายใต้รัฐมนตรีเศรษฐกิจอาเซียนในเรื่องการอำนวยความสะดวกในการรวมกลุ่มทางเศรษฐกิจของอาเซียน โดยการลดหรือขจัดอุปสรรคทางเทคนิคต่อการค้าที่เกิดจากมาตรฐาน กฎระเบียบทางวิชาการ และการตรวจสอบรับรอง สำหรับการดำเนินการอื่นของกระทรวงเกษตรฯ ได้ดำเนินการไปแล้ว ได้แก่
1. จัดตั้งคณะอนุกรรมการเตรียมความพร้อมภาคการเกษตรสู่ประชาคมอาเซียน เพื่อจัดทำกรอบนโยบายและแนวทางการเตรียมความพร้อม 2. วิเคราะห์ศักยภาพสินค้าเกษตรไทยในตลาดอาเซียนและตลาดโลก 3. ศึกษาโอกาสของสินค้าเกษตรไทยในประชาคมอาเซียน 4. จัดตั้งคณะกรรมการดำเนินการปรับปรุงกฎหมายและพัฒนากฎหมายของกระทรวงเกษตรฯ 5. จัดอบรมสัมมนาเกษตรกร สถาบันเกษตรกร บุคลากรของภาครัฐ และบุคคลทั่วไป เพื่อให้ความรู้พื้นฐานเกี่ยวกับประชาคมอาเซียน การค้า บริการ การลงทุน กฎระเบียบ และผลกระทบที่อาจเกิดขึ้น และ 6. ดำเนินโครงการสำคัญเพื่อเตรียมความพร้อมฯ ได้แก่ (1) โครงการเมืองเกษตรสีเขียว (2) โครงการพัฒนาคุณภาพสินค้าเกษตรสู่มาตรฐาน (3) โครงการพัฒนาเป็นศูนย์กลางการผลิตเมล็ดพันธุ์พืชรองรับประชาคมอาเซียน และ (4) การเพิ่มศักยภาพด่านสินค้าเกษตรชายแดนเพื่อรองรับการเข้าสู่ประชาคมอาเซียน นอกจากนี้ ยังมีโครงการบริหารจัดการเขตเกษตรเศรษฐกิจสำหรับสินค้าเกษตรที่สำคัญ (Zoning) โครงการพัฒนาเกษตรกรสู่ Smart Farmer และโครงการส่งเสริมการใช้เครื่องจักรกลการเกษตรทดแทนแรงงาน
ทั้งนี้ สำนักงานเศรษฐกิจการเกษตร (สศก.) ได้ศึกษาโอกาสและผลกระทบของสินค้าเกษตรไทยในการเข้าสู่ประชาคมอาเซียน พบว่าศักยภาพการแข่งขันของสินค้าเกษตรไทยในประชาคมอาเซียน ยังมีแนวโน้มที่ดีเนื่องจากสินค้าเกษตรไทยเป็นที่ยอมรับในด้านคุณภาพและมาตรฐาน โดยเฉพาะผลไม้และสินค้าปศุสัตว์และผลิตภัณฑ์ ในขณะที่บางสินค้ามีการพัฒนาไปสู่การแข่งขันในระดับโลกแล้ว เช่น ไก่เนื้อและผลิตภัณฑ์ โดยกลุ่มสินค้าที่แข่งขันได้ แต่ต้องสร้างจุดเด่นและพัฒนาสินค้าเพื่อครองตลาดให้มากขึ้น ได้แก่ ข้าว ข้าวโพดเลี้ยงสัตว์ มันสำปะหลัง(มันเส้น) ไหม และยางพารา ส่วนกลุ่มสินค้าที่จะได้รับผลกระทบ ได้แก่ เมล็ดกาแฟ น้ำมันปาล์ม และมะพร้าว
สำหรับผลกระทบที่คาดว่าจะเกิดขึ้นต่อภาคการเกษตรของประเทศภายหลังการเข้าสู่ประชาคมอาเซียน ด้านผลกระทบเชิงบวก ได้แก่ โอกาสทางการค้าของสินค้าเกษตรมีมากขึ้น ตลาดใหญ่ขึ้นสินค้าเกษตรที่จำหน่ายในอาเซียนที่มีคุณภาพสูงสามารถตอบสนองความต้องการของตลาดระดับบนและตลาดนอกภูมิภาคอาเซียน มูลค่าการค้าตามแนวชายแดนเพิ่มสูงขึ้น มีแหล่งวัตถุดิบราคาถูกเข้าสู่อุตสาหกรรมการเกษตร มีการใช้ทรัพยากรภายในประเทศอย่างเต็มประสิทธิภาพเพื่อให้เกิดความได้เปรียบทางการแข่งขัน มีการแลกเปลี่ยนเรียนรู้เทคโนโลยีในการผลิต
ขณะที่ผลกระทบเชิงลบ ได้แก่ ผลผลิตทางการเกษตรที่ไม่มีมาตรฐาน หรือมาตรฐานต่ำกว่าจากประเทศสมาชิกอาเซียนจะหลั่งไหลเข้ามาสู่ประเทศไทย รวมทั้งสินค้าเกษตรจากอาเซียนที่มีคุณภาพดีกว่าและราคาถูกกว่าจะเข้ามาแข่งขันและแย่งตลาด สินค้าเกษตรทะลักเข้าสู่ประเทศไทยส่งผลกระทบโดยตรงต่อราคาสินค้าเกษตรไทย ผู้ประกอบการภาคการผลิตทั้งทางด้านอุตสาหกรรมและเกษตรกรรม รวมทั้งเกษตรกรของไทยที่มีขีดความสามารถในการผลิตต่ำจะไม่สามารถแข่งขันกับประเทศที่มีขีดความสามารถในการผลิตสูงกว่าได้
จากผลกระทบดังกล่าว กระทรวงเกษตรฯ จึงได้เตรียมการรองรับโดยส่งเสริมให้เกษตรกรเพิ่มประสิทธิภาพในการผลิตเพื่อลดต้นทุนการผลิต และเพิ่มผลผลิตต่อไร่ให้มากขึ้น ส่งเสริมเกษตรอินทรีย์และการผลิตที่เน้นความปลอดภัยในสินค้า มีคุณภาพและมาตรฐาน สร้างความเชื่อมโยงเครือข่ายของเกษตรกรและสถาบันเกษตรกรเพื่อส่งเสริมการรวมกลุ่มและสร้างอำนาจต่อรองในด้านต่างๆ การถ่ายทอดเทคโนโลยีและความรู้ในการบริหารจัดการโลจิสติกส์ให้มีต้นทุนต่ำลงผ่านสหกรณ์ หรือกลุ่มเกษตรกร การสร้างมูลค่าเพิ่มให้แก่สินค้าเกษตร ส่งเสริมเยาวชนไทยให้มีความสนใจในอาชีพเกษตรกร เพื่อเพิ่มปริมาณเกษตรกรและป้องกันปัญหาความมั่นคงทางอาหารในอนาคต ตลอดทั้งการสนับสนุนกองทุน FTA หรือกองทุนปรับโครงสร้างการผลิตภาคเกษตรเพื่อเพิ่มขีดความสามารถการแข่งขันของประเทศ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการผลิต และสร้างขีดความสามารถในการแข่งขันให้กับสินค้าเกษตรไทยต่อไป