นอกจากนี้ ครม.ยังให้ความเห็นชอบแผนปฏิบัติการเพื่อพัฒนาท่าอากาศยานอู่ตะเภาให้เป็นท่าอากาศยานเชิงพาณิชย์แห่งที่ 3 ซึ่งมีหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งกระทรวงคมนาคม กระทรวงการคลัง กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา สำนักงบประมาณ กองทัพเรือ บมจ.ท่าอากาศยานไทย(AOT) และการท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย(ททท.)
ตามแผนปฏิบัติการจะแบ่งดำเนินการเป็น 3 ระยะ ได้แก่ ระยะที่1 เริ่มดำเนินการในปี 58-60 ระยะที่ 2 ในปี 61-62 และระยะที่ 3 ในปี 62-63 มีกรอบวงเงินในการดำเนินการตามแผนรวม 1,454 ล้านบาท โดยได้จัดสรรงบประมาณให้กองทัพเรือไปแล้วจำนวน 619 ล้านบาท ซึ่งนำไปใช้ก่อสร้างอาคารผู้โดยสารหลังใหม่และสิ่งอำนวยความสะดวกในท่าอากาศยาน อีกส่วนจำนวน 835 ล้านบาทจะใช้ในการปฏิบัติตามแผน 3 ระยะ
นอกจากนั้น ท่าอากาศยานอู่ตะเภาจะมีโครงสร้างพื้นฐาน 2 อย่างเป็นหลักที่จะเชื่อมต่อสนามบิน ได้แก่ มอเตอร์เวย์หรือทางพิเศษเส้นทางมาบตาพุด-พัทยา ซึ่งจะผ่านท่าอากาศยานอู่ตะเภา และรถไฟความเร็วสูง กรุงเทพ-ระยอง ซึ่งจะมีสถานีผ่านท่าอากาศยานอู่ตะเภา นอกจากนี้ยังมีทางหลวงที่เป็นสายย่อยที่จะเข้าไปสนับสนุนโครงการ
รมว.คมนาคม กล่าวว่า ในระยะต่อไปกระทรวงคมนาคมเตรียมเสนอให้ ครม.เห็นชอบแผนแม่บทศูนย์ซ่อมอากาศยานและนิคมอุตสาหกรรมการบิน ซึ่งได้ศึกษาเรียบร้อยแล้ว