โดยในส่วนของกรมสรรพากรนั้น ภาษีเงินได้นิติบุคคลที่ปัจจุบันเก็บอยู่ที่อัตรา 20% ต้องมาพิจารณาว่าจะมีการปรับรายละเอียดในไส้ในอย่างไรให้มีความเหมาะสม เช่น อัตราค่าลดหย่อนต่างๆ ภาษีตลาดทุน รวมทั้งภาษีใหม่ๆ เช่นภาษีมรดก ภาษีที่ดินและสิ่งปลูกสร้าง ส่วนภาษีเงินได้บุคคลธรรมดา ก็จะต้องพิจารณาให้สอดคล้องกับอัตราเงินเฟ้อด้วย
ขณะที่ภาษีของกรมสรรพสามิตนั้น เบื้องต้นคาดว่าจะมีการจัดเก็บภาษีในสินค้าประเภทใหม่ๆ หรือปรับลดภาษีในสินค้าบางประเภท รวมทั้งจะคำนึงถึงสินค้าที่มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมเป็นสำคัญ
ส่วนกรมศุลกากรนั้น เบื้องต้นยอมรับว่ารายได้จากการจัดเก็บภาษีมีแนวโน้มลดลงอย่างต่อเนื่อง จากปัจจัยผลกระทบหลายอย่าง ดังนั้นจึงต้องมาพิจารณาว่าจะมีการเพิ่มมูลค่าสินค้า เพื่อสนับสนุนผลการจัดเก็บรายได้อย่างไร
"การปรับโครงสร้างภาษีในครั้งนี้ ต้องคำนึงถึงปัจจัยเสี่ยงทั้งเศรษฐกิจไทยและเศรษฐกิจโลก ที่จะมีผลกระทบกับฐานะทางการคลัง ทั้งด้านรายได้และรายจ่าย ดังนั้นในช่วง 10 ปีหลังจากนี้ ก็ต้องมาพิจารณาเส้นโครงสร้างรายได้ และรายจ่ายว่าจะมีทิศทางเป็นอย่างไร และเมื่อไรที่พร้อมและเหมาะสมที่จะสามารถดำเนินการจัดทำงบสมดุลได้ จะมีแนวทางอย่างไรที่ทำให้รายได้สูงขึ้น และรายจ่ายลดลง" ปลัดกระทรวงการคลัง กล่าว
พร้อมระบุว่า การปฏิรูประบบภาษีครั้งนี้จะอิงกับ 4 หลักการสำคัญ คือ การเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขัน ความเป็นธรรม การเพิ่มรายได้-ลดรายจ่าย และการลดความเหลื่อมล้ำ
นายสมชัย กล่าวภายหลังประชุมคณะทำงานจัดทำแผนการปฏิรูประบบภาษีนัดแรกว่า ที่ประชุมฯ สามารถหาข้อสรุปได้แล้วประมาณ 80% โดยได้สั่งการให้ 3 กรมจัดเก็บรายได้ คือ กรมสรรพากร, กรมสรรพสามิต และกรมศุลกากร รวมทั้งสำนักงานเศรษฐกิจการคลัง(สศค.) กลับไปพิจารณารายละเอียดเพิ่มเติมในส่วนที่ยังไม่ชัดเจนในบางประเด็น เช่น อัตราภาษี พิกัด เวลาดำเนินการ และประเภท แล้วนำกลับมาเสนอให้ที่ประชุมฯ พิจารณาอีกครั้ง ซึ่งคาดว่าจะดำเนินการเสร็จเรียบร้อยภายในเดือน ธ.ค.นี้ หลังจากนั้นจะเสนอให้นายอภิศักดิ์ ตันติวรวงศ์ รมว.คลัง, นายสมคิด จาตุศรีพิทักษ์ รองนายกรัฐมนตรี พิจารณาก่อนเสนอเข้าที่ประชุมคณะรัฐมนตรีได้ราวต้นเดือน ม.ค.59
ปลัดกระทรวงการคลัง กล่าวว่า แนวทางการปฏิรูประบบภาษีดังกล่าวจะพยายามให้รัฐมีรายได้เพิ่มขึ้นทุกปี จากเดิมที่มีรายได้เพิ่มขึ้น 5-6% ส่วนโครงสร้างภาษีเงินได้บุคคลธรรมดานั้นคาดว่าจะได้ข้อสรุปภายในสิ้นปีเช่นกัน ส่วนจะเริ่มนำมาบังคับใช้เมื่อไหร่นั้นขึ้นอยู่กับฝ่ายนโยบาย ขณะที่การปรับอัตราภาษีมูลค่าเพิ่ม(VAT) นั้นจะทางเลือกสุดท้ายสำหรับการหารายได้เข้ารัฐหากการดำเนิน National e-Payment สามารถทำให้รายได้เพิ่มขึ้นถึง 1 แสนล้านบาท