น.ส.สุทธิรัตน์ รัตนโชติ อธิบดีกรมบัญชีกลาง ชี้แจงว่า ตามที่มีการตั้งข้อสังเกตว่าภายหลังจากการประกาศใช้ พ.ร.บ.การจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุภาครัฐ พ.ศ. 2560 ในเดือนสิงหาคม 2560 จะส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของระบบยาทั้งประเทศ ราคายาในประเทศจะสูงขึ้นกว่านี้ รวมทั้งผู้ป่วยจะขาดแคลนยาจำเป็นที่มีผู้ผลิตน้อยราย เพราะที่ผ่านมาองค์การเภสัชกรรมเป็นกลไกที่ช่วยตรึงราคายาในประเทศไว้ ประกอบกับมีความกังวลเรื่องเปิดโอกาสให้บริษัทยาข้ามชาติมีการวิ่งเต้นเรื่องยา และหากองค์การเภสัชกรรมซึ่งเป็นกลไกความมั่นคงทางยาล้ม จะทำให้ระบบหลักประกันสุขภาพล้มตามไปด้วย ซึ่งประชาชนจะได้รับความเดือดร้อน กรมบัญชีกลางจะดำเนินการในเรื่องนี้ให้อย่างเหมาะสม
ทั้งนี้ ตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีเดิม องค์การเภสัชกรรมได้รับการคุ้มครอง โดยให้ส่วนราชการจัดซื้อยาจากองค์การเภสัชกรรมไม่น้อยกว่า 60% และโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข ไม่น้อยกว่า 80% รวมถึงให้จัดซื้อยาจากองค์การเภสัชกรรมเป็นอันดับแรกหากราคาใกล้เคียงกัน แต่ใน พ.ร.บ.การจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุภาครัฐ พ.ศ. 2560 ไม่มีเรื่องดังกล่าวแล้ว ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อความมั่นคงของระบบยาทั้งประเทศ ราคายาในประเทศไทยจะสูงขึ้นกว่านี้
โดยเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม 2560 ได้มีการประชุมหารือร่วมกันระหว่างกรมบัญชีกลาง องค์การเภสัชกรรม และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ซึ่งที่ประชุมมีมติให้กระทรวงสาธารณสุขแต่งตั้งคณะทำงานจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เพื่อพิจารณาเกี่ยวกับการกำหนดหลักเกณฑ์ และแนวทางที่ทุกฝ่ายเห็นชอบร่วมกัน หลังจากได้ข้อสรุปแล้ว กรมบัญชีกลางจะนำเสนอให้คณะกรรมการนโยบายการจัดซื้อจัดจ้างและการบริหารพัสดุ พิจารณาข้อเสนอจากทุกภาคส่วน เพื่อกำหนดกรอบแนวทางที่มีประสิทธิภาพ และเหมาะสมต่อการจัดซื้อยาในอนาคตต่อไป