นายพรชัย ฐีระเวช ที่ปรึกษาด้านเศรษฐกิจการเงิน สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง ในฐานะรองโฆษกกระทรวงการคลัง เปิดเผยว่า ตามที่มีการแพร่ภาพข้อความว่า ร้านธงฟ้าประชารัฐจะเรียกเก็บเงินจากการใช้บัตรประชารัฐเพิ่มเติม เนื่องจากทางร้านต้องเสียภาษีมูลค่าเพิ่มร้อยละ 7 นั้น
กระทรวงการคลัง ขอชี้แจงข้อเท็จจริง ดังนี้ การเข้าร่วมเป็นร้านค้าธงฟ้าประชารัฐนั้น ร้านค้าต้องไม่จำหน่ายสินค้าในราคาที่เกินกว่าราคาจำหน่ายปลีกที่กำหนดไว้ ในกรณีที่ร้านค้าได้จดทะเบียนเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม ร้านค้าต้องแสดงใบทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม (ภ.พ.20) ณ สถานประกอบการในที่เปิดเผยซึ่งเห็นได้ง่าย และหากร้านค้ายังมิได้รวมภาษีมูลค่าเพิ่มในราคาสินค้า ร้านค้าสามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่ม เพิ่มเติมจากราคาสินค้าที่ยังมิได้รวมภาษีมูลค่าเพิ่มได้ในอัตราร้อยละ 7 โดยต้องขายสินค้าในราคาเดียวกันแก่ผู้ซื้อทุกราย รวมถึงมีหน้าที่ในการนำส่งภาษีมูลค่าเพิ่ม ด้วยการนำภาษีขายที่ตนได้เรียกเก็บ หักภาษีซื้อจากการซื้อสินค้า และนำส่งส่วนต่างให้แก่กรมสรรพากร ดังนั้น ร้านค้าธงฟ้าประชารัฐที่จดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มจึงสามารถขอคืนภาษีซื้อจากกรมสรรพากรได้ จึงมิได้เป็นการเพิ่มต้นทุนแต่อย่างใด
นอกจากนี้ กรณีร้านค้าธงฟ้าประชารัฐบางแห่งเรียกเก็บเงินเพิ่มเติมเฉพาะการซื้อจากการใช้บัตรประชารัฐ (บัตรสวัสดิการแห่งรัฐ) โดยอ้างว่าเป็นการจ่ายภาษีมูลค่าเพิ่มนั้น เป็นการดำเนินการที่ไม่ถูกต้อง และอาจไม่เป็นไปตามหลักเกณฑ์การเข้าร่วมเป็นร้านธงฟ้าประชารัฐ
ที่ผ่านมา กรมบัญชีกลางได้สนับสนุนค่าใช้จ่ายในการติดตั้งเครื่องรับชำระเงินแบบอิเล็กทรอนิกส์ (EDC) ดังนั้น การติดตั้งเครื่อง EDC เพื่อรับชำระค่าสินค้าในร้านธงฟ้าประชารัฐ จึงมิได้เป็นการเพิ่มต้นทุนให้แก่ร้านค้า และหากมีการดำเนินการผิดหลักเกณฑ์ตามประกาศกรมการค้าภายในและกรมการค้าภายในเพิกถอนการเป็นร้านธงฟ้าประชารัฐ กรมบัญชีกลางจะเรียกคืนเครื่อง EDC ทันที และจะไม่ให้วางเครื่อง EDC อีกต่อไป
"ร้านค้าที่จดทะเบียนเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่ม สามารถนำภาษีขายที่ตนได้เรียกเก็บ มาหักภาษีซื้อจากการซื้อสินค้าได้ ประกอบกับกรมบัญชีกลางสนับสนุนค่าใช้จ่ายในการติดตั้งเครื่อง EDC จึงไม่ได้เป็นการเพิ่มต้นทุนให้แก่ร้านค้า"
ด้านนางแพตริเซีย มงคลวนิช รองอธิบดีกรมสรรพากร ในฐานะโฆษกกรมสรรพากร กล่าวกรณีมีข่าวร้านธงฟ้าประชารัฐจะเรียกเก็บเงินจากการใช้บัตรสวัสดิการแห่งรัฐว่า ร้านค้าที่มีการจดทะเบียนเป็นผู้ประกอบการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มต้องคิดภาษีแวตทั้งหมด ไม่ใช่แค่การคิดภาษีแวตกับผู้ใช้บัตรประชารัฐเท่านั้น เพราะหากมีการคิดภาษีแวตกับผู้ใช้บัตรประชารัฐอย่างเดียวถือว่าเป็นเรื่องที่ไม่ถูกต้องและผิดกฎหมาย
ปัจจุบันมีผู้ประกอบการทั้งในรูปนิติบุคคล และบุคคลธรรมดาจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มทั้งสิ้น 6 แสนราย และที่ผ่านมาสรรพากรพื้นที่ได้มีการเข้าไปให้คำแนะนำกับร้านค้าต่าง ๆ ที่มีแนวโน้มรายได้ 1.8 ล้านบาท ให้มีการจดทะเบียนภาษีมูลค่าเพิ่มอยู่ตลอดเวลา