ตลาดญี่ปุ่นเป็นตลาดเป้าหมายใหญ่ และมีอัตราการเติบโตสูงขึ้นอย่างต่อเนื่อง จากข้อมูลของการท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย ตัวเลขนักท่องเที่ยวชาวญี่ปุ่นมาเที่ยวประเทศไทยในไตรมาสแรกของปีนี้ มีจำนวนประมาณสี่แสนกว่าคน มากเป็นอันดับสองของภูมิภาคเอเชีย หรือเพิ่มขึ้น 22 % ตลาดการท่องเที่ยวระหว่างไทยและญี่ปุ่น มีอัตราเติบโต 18.5% โดยสรุป 9 เดือนแรกของปีนี้การบินไทยมี Cabin Factor เส้นทางสู่ประเทศญี่ปุ่นอยู่ที่ 79.8% และการบินไทยมีอัตราการเติบโตในเส้นทางนี้สูงถึง 23.7% จึงนับเป็นตลาดที่ทำรายได้หลักของการบินไทย ทำให้เห็นโอกาสในการขยายเส้นทางบินในประเทศญี่ปุ่น
ทั้งนี้ การบินไทยจะทำการบิน เส้นทางไป—กลับ กรุงเทพฯ — เซนได สัปดาห์ละ 3 เที่ยวบิน ในวันอังคาร พฤหัสบดีและเสาร์ ด้วยเครื่องบินแอร์บัส เอ 330-300 มีจำนวนที่นั่ง 299 ที่นั่ง แบ่งเป็นชั้นธุรกิจ 26 ที่นั่ง และชั้นประหยัด 263 ที่นั่ง ตั้งแต่วันที่ 3 ธันวาคม 2556 เป็นต้นไป
ปัจจุบันบริษัทฯ ทำการบินไปยังประเทศญี่ปุ่น จำนวน 6 เมือง 7 จุดบิน ซึ่งนับเป็นสายการบินที่ทำการบินจากกรุงเทพฯ สู่ญี่ปุ่นมากที่สุด ดังรายละเอียดต่อไปนี้
- เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — นาริตะ(โตเกียว) สัปดาห์ละ 21 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — ฮาเนดะ(โตเกียว) สัปดาห์ละ 7 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — นาโกยา สัปดาห์ละ 14 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — โอซากา สัปดาห์ละ 17 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — ฟูกูโอกะ สัปดาห์ละ 7 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — ซัปโปโร สัปดาห์ละ 7 เที่ยวบิน - เส้นทางไป-กลับ กรุงเทพฯ — เซนได สัปดาห์ละ 3 เที่ยวบิน (เริ่มทำการบินวันที่ 3 ธันวาคม 2556)