เนื่องจาก นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ ได้อุทธรณ์คำสั่งดังกล่าว และ ก.พ. เห็นว่า มีเหตุอันควรลดโทษจากไล่ออก เป็นปลดออกจากราชการ กระทรวงการคลังจึงได้มีคำสั่ง (ลงวันที่ 12 พฤษภาคม 2551) ลดโทษจากไล่ออก เป็นปลดออกจากราชการ ต่อมา นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครองกลาง และศาลปกครองกลางได้วินิจฉัยว่า การไต่สวนข้อเท็จจริงของคณะกรรมการ ป.ป.ช. ไม่แสดงถึงเจตนาของการกระทำที่ถือเป็นความผิดวินัยฐานทุจริตต่อหน้าที่ราชการหรือประพฤติชั่วอย่างร้ายแรง ตามองค์ประกอบของความผิดฐานดังกล่าว การปฏิบัติหน้าที่ของนายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ จึงไม่อาจถือได้ว่าเป็นการกระทำผิดวินัยอย่างร้ายแรงฐานทุจริตต่อหน้าที่ราชการ
ดังนั้น คำสั่งกระทรวงการคลังที่ลงโทษไล่ออกจากราชการและที่ลดโทษจากไล่ออก เป็นปลดออกจากราชการจึงเป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมาย พิพากษาให้เพิกถอนคำสั่งกระทรวงการคลัง (ลงวันที่ 12 พฤษภาคม 2551)และให้คืนสิทธิประโยชน์ที่ นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ พึงมีพึงได้ตามกฎหมาย
กระทรวงการคลังได้ดำเนินการเพื่อให้เป็นไปตามคำพิพากษาของศาลปกครองกลาง โดยได้มีประกาศกระทรวงการคลัง (ลงวันที่ 20 ตุลาคม 2557) ให้ นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ พ้นจากตำแหน่งอธิบดีกรมสรรพากร ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2552 เนื่องจากมีอายุครบ 60 ปีบริบูรณ์ ตามกฎหมายว่าด้วยบำเหน็จบำนาญข้าราชการ และได้นำความความกราบบังคมทูลพระกรุณาขอพระราชทานอภัยและขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตยกเลิกประกาศสำนักนายกรัฐมนตรี เรื่อง ให้ข้าราชการพลเรือนพ้นจากตำแหน่ง ลงวันที่ 25 มกราคม 2550 ลำดับที่ 1 ที่ให้ นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์พ้นจากตำแหน่ง อธิบดีกรมสรรพากร ตั้งแต่วันที่ 29 ธันวาคม 2549 เป็นการเฉพาะราย มีผลให้นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ ยังคงดำรงตำแหน่ง อธิบดีกรมสรรพากร เช่นเดิม และนำความกราบบังคมทูลพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ พ้นจากตำแหน่งดังกล่าว ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2552
เนื่องจากเกษียณอายุราชการ ซึ่งความทราบฝ่าละอองธุลีพระบาทแล้ว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ยกเลิกประกาศสำนักนายกรัฐมนตรีฉบับดังกล่าวเป็นการเฉพาะรายและให้ นายศิโรตม์ สวัสดิ์พาณิชย์ พ้นจากตำแหน่ง อธิบดีกรมสรรพากร ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2552 เนื่องจากเกษียณอายุราชการ
ประกาศ ณ วันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2557 ผู้รับสนองพระบรมราชโองการ หม่อมราชวงศ์ปรีดิยาธร เทวกุล รองนายกรัฐมนตรี