ทั้งนี้ คณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้เสนอให้ ครม.ว่า สมควรกำหนดแนวทางในการปรับปรุงระบบ e-Auction เพื่อให้มีประสิทธิภาพเพิ่มขึ้นและเพื่อเป็นการป้องกันการสมยอมราคากันในการเสนอราคา การทุจริตต่อหน้าที่และการกระทำความผิดต่อตำแหน่งหน้าที่ราชการ อันจะนำมาซึ่งความโปร่งใส่ การแข่งขันในการเสนอราคาอย่างเป็นธรรม คุ้มค่าและประหยัดงบประมาณแผ่นดิน โดยให้กระทรวงการคลัง(กค.) พิจารณาปรับปรุงแก้ไขระบบ e-Auction ดังนี้
1.กรมบัญชีกลางต้องควบคุมหน่วยงานของรัฐไม่ให้มีการนำวิธีการ e-Auction ไปใช้กับการประมูลงานก่อสร้างที่มีรายละเอียดของเนื้องานยุ่งยากซับซ้อน มีเทคนิคเฉพาะ และมีเอกสารบัญชีแสดงรายการวัสดุและปริมาณเนื้องาน(BOQ) หลากหลายรายการในโครงการเดียวกันและงานประเภทอื่นที่มีความยุ่งยากซับซ้อนในรายละเอียดของเนื้องานหรือมีเทคโนโลยีขั้นสูง รวมทั้งงานว่าจ้างที่ปรึกษาและงานว่าจ้างผู้ออกแบบ ซึ่งต้องมีการพิจารณาคุณสมบัติของผู้เสนอราคาเป็นเรื่องสำคัญ ทั้งนี้ให้กรมบัญชีกลางเป็นผู้กำหนดรายละเอียดและประเภทของงานที่ให้ใช้และไม่ให้ใช้วิธีการ e-Auction
2.ให้มีการปฏิบัติตามขั้นตอนและการเปิดเผยข้อมูลในเรื่องระยะเวลาและการดำเนินการในการเสนอราคาทุกขั้นตอนของ e-Auction อย่างเคร่งครัดเพื่อความโปร่งใส และมีหน่วยงานทำหน้าที่รับผิดชอบตรวจสอบติดตามผลการดำเนินงานและประเมินผลการปฏิบัติงานหน่วยงานที่จัดซื้อจัดจ้างและมีมาตรการลงโทษหากพบการกระทำผิด
3.ให้มีการเปิดเผยข้อกำหนด TOR ร่างสัญญาและข้อตกลงแนบท้ายสัญญาลงในระบบอินเตอร์เน็ต(Internet) เพื่อให้มีการวิพากษ์วิจารณ์จากทุกฝ่ายอย่างเปิดเผยก่อนการอนุมัติใช้และการกำหนด TOR เกี่ยวกับคุณสมบัติของผู้มีสิทธิเสนอราคาต้องกำหนดเป็นมาตรฐานที่ชัดเจน ไม่ควรให้หน่วยงานของรัฐใช้ดุลพินิจในการกำหนดคุณสมบัติของผู้มีสิทธิเสนอราคาเอง เพราะข้อกำหนดเงื่อนไขคุณสมบัติของผู้เสนอราคาเป็นเรื่องที่สำคัญที่ก่อให้เกิดปัญหาการทุจริตในลักษณะของการกีดกันผู้เสนอราคาหรือการเอื้อประโยชน์ให้กับผู้เสนอราคาใดรายหนึ่งได้
4.เนื่องจากปัจจุบัน พ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2542 แก้ไขเพิ่มเติม(ฉบับที่ 2) พ.ศ.2554 (มาตรา 103/7) กำหนดให้หน่วยงานของรัฐดำเนินการจัดทำข้อมูลรายละเอียดค่าใช้จ่ายเกี่ยวกับการจัดซื้อจัดจ้าง โดยเฉพาะราคากลางและการคำนวณราคากลางไว้ในระบบข้อมูลอิเล็กทรอนิกส์เพื่อให้ประชาชนเข้าตรวจดูได้ ดังนั้นจึงควรเร่งรัดให้มีการเปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับราคากลางในเว็บไซต์ของหน่วยงานของรัฐทุกหน่วยงาน และให้มีการจัดทำมาตรฐานวิธีการคำนวณราคากลางที่ถูกต้องและเป็นธรรม ทุกหน่วยงานของรัฐสามารถใช้อ้างอิงเป็นเกณฑ์มาตรฐานของราคากลางได้ และมีสถาบันวิชาชีพทำหน้าที่ให้การรับรองคุณสมบัติของผู้ทำหน้าที่คิดคำนวณราคากลางเพื่อให้มาตรการป้องกันการทุจริตสมยอมกันในการเสนอราคา
5.กรมบัญชีกลางต้องดำเนินการควบคุมตรวจสอบดูแลการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ให้บริการอิเล็กทรอนิกส์ในการกำกับการแข่งขันราคาให้เป็นไปตามหลักเกณฑ์ที่กรมบัญชีกลางกำหนดอย่างเคร่งครัด เพื่อความโปร่งใสในการแข่งขันราคาและเพื่อสร้างความมั่นใจว่ามีการแข่งขันราคากันอย่างแท้จริง
6.ให้กรมบัญชีกลางดำเนินการเร่งรัดในเรื่องการพัฒนาระบบการจัดซื้อจัดจ้างภาครัฐด้วยวิธีการทางอิเล็กทรอนิกส์ (e-Government Procurement:e-GP) ให้แล้วเสร็จเป็นระบบอิเล็กทรอนิกส์ที่แท้จริงเต็มรูปแบบโดยเร็ว โดยนำระบบอิเล็กทรอนิกส์ไปใช้ในทุกขั้นตอนของการดำเนินการจัดซื้อจัดจ้างภาครัฐเพื่อให้กระบวนการจัดซื้อจัดจ้างมีความโปร่งใส สามารถตรวจสอบได้