ส่วนการดำเนินการหลังจากที่นายกรัฐมนตรีพิจารณาแล้วจะส่งไปยังคณะกรรมการพิจารณาการรับผิดทางแพ่งที่มีอธิบดีกรมบัญชีกลางเป็นประธานพิจารณาต่อ หากเห็นด้วยจะส่งเรื่องกลับมายังนายกรัฐมนตรีเพื่อให้ออกคำสั่งทางปกครองให้ชำระหนี้ตามกำหนด แต่หากไม่ยอมชำระหนี้ก็มีสิทธิยื่นอุทธรณ์ หรือฟ้องศาลปกครองเพื่อให้ถอนคำสั่งนายกรัฐมนตรี
ทั้งนี้ นายวิษณุ ได้หารือกับอธิบดีกรมบัญชีกลางแล้วว่า หากเรื่องส่งมาทันภายในต้นเดือนต.ค. ก็สามารถมีความเห็นให้ชำระหนี้ได้ก่อนสิ้นปีนี้
อย่างไรก็ดี ขณะนี้ยังไม่มีการเสนอว่าจะต้องรีบฟ้องเพราะเกรงขาดอายุความที่กำหนดไว้ 2 ปี ซึ่งเห็นว่าขณะนี้ยังมีเวลาเหลืออีก 1 ปีครึ่ง ยืนยันว่าคณะกรรมการจะดำเนินการให้เสร็จทันก่อนหมดอายุความ
นายวิษณุ ยังกล่าวกรณีที่น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี ยื่นฟ้องกลับอัยการสูงสุดปฏิบัติหน้าที่มิชอบ ในการสั่งฟ้องคดีจำนำข้าว โดยมีการเพิ่มเอกสารนอกสำนวนการไต่สวนของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ(ป.ป.ช.)ว่า เป็นสิทธิที่ทำได้ แต่ยังไม่ทราบว่าฟ้องในเรื่อง จึงไม่ขอแสดงความคิดเห็นในเรื่องนี้
ผู้สื่อข่าวถามว่า หากศาลอาญารับคำร้องของน.ส.ยิ่งลักษณ์ จะส่งผลให้การพิจารณาคดีในศาลฎีกา แผนกคดีอาญาผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองสะดุดหรือไม่ นายวิษณุ กล่าวว่า ที่ผ่านมาไม่เคยมีกรณีในลักษณะนี้มาก่อน และคิดว่าไม่น่าจะสะดุด เพราะเวลาที่ น.ส.ยิ่งลักษณ์ ไปฟ้องกลับถือเป็นการฟ้องส่วนตัว แต่เวลาสั่งฟ้องเป็นการสั่งโดยส่วนรวม คือ สั่งโดยตำแหน่ง และคนที่สั่งคือนายตระกูล วินิจนัยภาค อัยการสูงสุดคนเก่าที่จะเกษียณอายุราชการในวันที่ 30 ก.ย.นี้ และอัยการสูงสุดคนใหม่คือ นายพงษ์นิวัฒน์ ยุทธภัณฑ์บริภาร จะเข้ามารับหน้าที่ก็สามารถทำหน้าที่ต่อได้ทันที จึงไม่เกี่ยวกัน ใครจะฟ้องก็ฟ้องไป
นายวิษณุ กล่าวด้วยว่า จะมีรายชื่อข้าราชการที่อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับการทุจริตในชุดที่ 3 ออกมาอีกแน่นอน ซึ่งขณะนี้กำลังรวบรวมอยู่ แต่ต้องระวังเรื่องการให้ความเป็นธรรมและให้เกิดความชัดเจนมากที่สุด
อย่างไรก็ดี เมื่อวานนี้ได้มีการประชุมผู้แทนทุกกระทรวงที่มีบุคคลในกระทรวงถูกพักงานจากคำสั่ง คสช.ฉบับที่ 16/2558 และ 19/2558 ซึ่งที่ประชุมระบุว่า กรณีที่ข้าราชการถูกสั่งพักงานจะต้องตั้งคณะกรรมการสอบสวนทางวินัยควบคู่ไปด้วย ซึ่งการสอบสวนของแต่ละหน่วยงานจะต้องเสร็จก่อนการเกษียณหรือการลาออกจากตำแหน่ง หากไม่ตั้งคณะกรรมการจะทำให้ผู้บังคับบัญชามีความผิด
ทั้งนี้ การสอบสวนดังกล่าวไม่เกี่ยวข้องกับการสอบสวนของหน่วยงานกลาง เช่น ป.ป.ช.ที่ยังสามารถตรวจสอบได้ แม้จะเกษียณไปแล้วก็ยังสามารถสอบได้และลงโทษได้