นายศรีสุวรรณ จรรยา เลขาธิการสมาคมองค์การพิทักษ์รัฐธรรมนูญไทยและคณะ ยื่นคำร้องต่อคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) เพื่อให้ตรวจสอบการทำงานของคณะกรรมการการเลือกตั้ง (กกต.) ที่อาจกระทำการขัดต่อกฎหมายหรือละเลยการปฏิบัติหน้าที่โดยชัดแจ้ง ซึ่งเป็นหตุให้กระบวนการจัดทำประชามติที่ผ่านมาไม่เป็นไปโดยบริสุทธิ์และเที่ยงธรรมหลายประการ
รวมทั้ง ขอให้ ป.ป.ช.เสนอให้ศาลอาญาฯเอาผิด และหรือให้ศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยเพื่อให้ผลการลงประชามติเป็นโมฆะต่อไป
"เหตุต่าง ๆ ดังกล่าวทำให้การไปลงประชามติของผู้มีสิทธิเลือกตั้งไม่เป็นไปโดยสุจริตและเที่ยงธรรม ทำให้ผลของประชามติที่ออกมาผิดพลาด คลาดเคลื่อน ฯลฯ อันมีผลมาจากการกระทำและหรือการละเลยการปฏิบัติหน้าที่ของ กกต. โดยตรงสมาคมองค์การพิทักษ์รัฐธรรมนูญไทยจึงจำต้องนำความดังกล่าวไปร้องเรียนกล่าวโทษคณะกรรมการ กกต.ต่อ ป.ป.ช. เพื่อไต่สวน เอาผิด"นายศรีสุวรรณ กล่าว
ตัวอย่างของกระบวนการการทำงานของ กกต.ที่มีปัญหา ได้แก่ การไม่แจกจ่ายร่างรัฐธรรมนูญให้ประชาชนทุกครัวเรือนอย่างทั่วถึง ทำให้ผู้มีสิทธิเลือกตั้งไม่สามารถแสดงเจตจำนงในการใช้สิทธิได้อย่างอิสระ แตกต่างจากการลงประชามติเมื่อปี 2550 โดยชัดแจ้ง,
การเลือกปฏิบัติในการบังคับใช้กฎหมายว่าด้วยการลงประชามติร่างรัฐธรรมนูญ 2559 โดยไม่เอาผิดกับผู้ที่กระทำการฝ่าฝืนในลักษณะชี้นำการลงประชามติ เช่น นายกรัฐมนตรี ชี้นำว่าตนเองจะรับร่างรัฐธรรมนูญทั้ง 2 ข้อ เป็นต้น ส่วนผู้ที่ออกมารณรงค์คัดค้านกลับถูกดำเนินคดีตามกฎหมาย เป็นต้น
การรีบเร่งแถลงผลประชามติทั้ง ๆ ที่มีเหตุอันควรเชื่อได้ว่ามีการลงประชามติไปโดยไม่บริสุทธิ์และเที่ยงธรรม เช่น มีบางหน่วยเลือกตั้งมีคะแนนการลงประชามติมากกว่าจำนวนผู้มาใช้สิทธิ แต่ กกต.กลับนิ่งเฉยที่จะดำเนินการไต่สวนให้ชัดแจ้งเสียก่อน แต่กลับเร่งรีบออกมาแถลง แทนที่จะรอให้เกิดความชัดเจนในผลของประชามติเสียก่อน
การจัดทำอุปกรณ์การลงประชามติ เช่น หีบบัตรไม่มั่นคงแข็งแรง ฯลฯ ขัดต่อประกาศของ กกต. และขัดต่อกฎหมายประชามติ แต่ก็มิได้ไต่สวน สอบสวนเอาผิดผู้กระทำการฝ่าฝืน รวมทั้งการจัดทำบัตรประชามติเพียงใบเดียว แต่มี 2 ข้อคำถาม เป็นเหตุทำให้ผู้มีสิทธิลงประชามติสับสน จนนำไปสู่การกระทำความผิดกฎหมายประชามติ ฯลฯ