อีกทั้งยังมีปัจจัยเฉพาะของภาคอุตสาหกรรม อาทิ การปรับแผนธุรกิจของผู้ประกอบการผลิตยานยนต์ ที่เน้นการผลิตเพื่อการส่งออกมากขึ้นหลังจากสิ้นสุดนโยบายรถคันแรก โดยศูนย์วิจัยกสิกรไทย มองว่า ในปี 2556 นี้การส่งออกรถยนต์ของไทยน่าจะมีประมาณ 1,230,000 ถึง 1,290,000 คัน หรือเติบโตร้อยละ 20-26 นอกจากนี้ ในด้านสินค้าเกษตรทั้งปริมาณและราคาสินค้าเกษตรมีแนวโน้มปรับตัวดีขึ้น
ศูนย์วิจัยกสิกรไทย คาดว่า มูลค่าการขนส่งสินค้าทางเรือในปี 2556 อาจจะเพิ่มขึ้นประมาณร้อยละ 8-10 เป็น 129,600-133,000 ล้านบาท จาก 121,000 ล้านบาทในปี 2555 แต่หากวัดจากปริมาณการขนส่งสินค้าทางเรือ ทั้งนำเข้าและส่งออก คาดว่าจะมีปริมาณสินค้าส่งออกและนำเข้าผ่านท่าเรือแหลมฉบังและท่าเรือกรุงเทพประมาณ 87-89 ล้านตันในปี 2556 เพิ่มขึ้นร้อยละ 4-8 จากประมาณ 84 ล้านตันในปี 2555 (เพิ่มขึ้นร้อยละ 4.8)
อย่างไรก็ตาม การขนส่งทางเรือของไทยแม้ว่าจะเริ่มมีปัจจัยหนุน แต่ยังคงเผชิญความเสี่ยงจากหลายด้านเช่นกัน อาทิ อุปทานขนส่งทางเรือยังคงเติบโตเร็วกว่าอุปสงค์ อุปทานกองเรือในด้านขนส่งยังคงเติบโตในอัตราค่อนข้างสูง แต่เริ่มที่จะชะลอตัวลง เนื่องจากมีค่าระวางเรือที่ค่อนข้างต่ำและมีอัตราการแข่งขันที่สูง ขณะที่ความต้องการของผู้บริโภคยังฟื้นตัวได้ไม่เร็วมากนัก
แนวโน้มค่าระวางเรือยังคงไม่ฟื้นตัวดีมากนัก อุปสงค์ในด้านการขนส่งทางเรือเติบโตไม่ทัน จำนวนอุปทานที่ยังคงมีอยู่มาก ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญในการกดดันดัชนี BDI (Baltic Dry Index: ดัชนีค่าระวางเรือ) และส่งผลให้ธุรกิจมีผลประกอบการยังไม่ฟื้นตัวเร็วมากนัก อย่างไรก็ตาม คาดว่าหลังจากเศรษฐกิจในภูมิภาคต่างๆ ของโลกฟื้นตัว จะช่วยให้มีการค้าขายระหว่างประเทศมากขึ้น ซึ่งจะเป็นปัจจัยหนุนให้ BDI กลับมาอยู่ในระดับสูงอีกครั้ง
ผลกระทบจากภัยธรรมชาติที่กระทบต่อการขนส่งทางเรือ โดยเฉพาะเรือเดินสมุทรและการเข้าจอดในท่าที่ได้รับผลกระทบ อาทิ พายุแซนดี้ในสหรัฐอเมริกา พายุในอินเดีย และบราซิล ซึ่งเป็นอุปสรรคที่สำคัญในการขนส่งทางเรือ
ปัญหาด้านแรงงาน ในปัจจุบันนอกจากผู้ประกอบการในอุตสาหกรรมโลจิสติกส์ต้องเผชิญกับภาระต้นทุนในการดำเนินธุรกิจสูงขึ้น อันเนื่องมาจากการปรับขึ้นค่าจ้างแรงงานขั้นต่ำเมื่อต้นปี 2556 ที่ผ่านมา ผู้ประกอบการยังต้องเผชิญกับปัญหาด้านการขาดแคลนแรงงาน ซึ่งเป็นอุปสรรคต่อการดำเนินธุรกิจ
เงินบาทแข็งค่า ส่งผลต่อการส่งออกของไทย ซึ่งจะส่งผลกระทบต่อเป็นลูกโซ่ต่อมายังการส่งออกสินค้าทางเรือด้วยเช่นกัน
อย่างไรก็ตาม ประเทศไทยยังมีประเด็นท้าทายหลายประการในการที่จะเพิ่มศักยภาพในการแข่งขัน เนื่องจากการขนส่งทางน้ำในปัจจุบันเผชิญกับปัญหาในหลายด้าน ทั้งความกว้างของร่องน้ำและแม่น้ำตื้นเขิน ทำให้ไม่สามารถขนส่งสินค้าทางน้ำได้ ขณะที่โครงสร้างพื้นฐานยังไม่เอื้ออำนวยเพียงพอ อาทิ ท่าเรือมีความแออัด และไม่มีถนนเชื่อมต่อกับท่าเรือโดยตรง เป็นต้น
นอกจากนี้ยังมีปัญหาในด้านของกฎหมายที่มีความล่าสมัย เนื่องจากใช้มาตั้งแต่ปี 2457 โดยมีประเด็นสำคัญ อาทิ การออกใบอนุญาตเดินเรือ และการต่อทะเบียนเรือ โดยปัจจุบันเมื่อจดทะเบียนเรือแล้วต้องขออนุญาตเดินเรืออีกครั้ง ซึ่งเป็นขั้นตอนที่ซ้ำซ้อน ซึ่งจะเป็นสิ่งที่จะต้องเร่งปรับปรุงและพัฒนาจากทั้งฝั่งภาครัฐและเอกชน เพื่อที่จะเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันของประเทศไทย เนื่องจากประเด็นเหล่านี้ต้องใช้เวลาอีกหลายปีถึงจะแล้วเสร็จ ทั้งในด้านข้อกฎหมายและการวางแผนการพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานทางน้ำ
ทั้งนี้ ภาครัฐได้มีโครงการขยายท่าเรือแหลมฉบังเฟส 3 เพื่อให้สามารถรองรับตู้สินค้าเพิ่มอีก 7 ล้านตู้ต่อปี รวมเป็น 18 ล้านตู้ต่อปี จากปัจจุบันที่มีศักยภาพรองรับปริมาณตู้สินค้าเพียงประมาณ 11 ล้านตู้ต่อปี ซึ่งโครงการดังกล่าวคาดว่าจะใช้เงินลงทุนรวม 8.8 หมื่นล้านบาท ใช้ระยะเวลาในการก่อสร้างประมาณ 8 ปี โดยมีแผนที่จะก่อสร้างแล้วเสร็จในช่วงปี 2563-2564
ทั้งนี้ ศูนย์วิจัยกสิกรไทย คาดว่า ในปี 2556 มีปริมาณตู้สินค้าผ่านเข้า-ออกท่าเรือแหลมฉบังประมาณ 6.3-6.6 ล้านตู้ต่อปี จากประมาณ 6 ล้านตู้ในปี 2555 และคาดการณ์ว่าปริมาณตู้สินค้าผ่านเข้า-ออกท่าเรือจะเกินขีดความสามารถในช่วงปี 2562-2563 ที่ประมาณ 11-13 ล้านตู้ต่อปี จึงจำเป็นจะต้องมีการวางแผนที่จะพัฒนาท่าเรือแหลมฉบังเฟส 3 เพื่อรองรับปริมาณการเติบโตของสินค้า ซึ่งหากไม่เร่งดำเนินการ อาจจะทำให้ในอนาคตเกิดปัญหาการคมนาคมขนส่งทางทะเลที่แออัด และเป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาการขนส่งสินค้านำเข้าและส่งออกทางน้ำ
นอกจากนี้ การเร่งพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านการขนส่งทางน้ำก็ถือว่าเป็นตัวแปรสำคัญในการพัฒนาศักยภาพการขนส่งของไทยเพื่อรองรับโอกาสและการแข่งขันที่จะมาพร้อมกับ AEC ในอนาคต ที่ภาครัฐตั้งเป้าหมายผลักดันบทบาทให้ประเทศไทยเป็นศูนย์กลางด้านโลจิสติกส์ในภูมิภาคอาเซียน