สำหรับภารกิจของ GMRA คือการเพิ่มการเชื่อมโยงทางรถไฟเพื่อส่งเสริมประสิทธิภาพ ความปลอดภัยรักษาสิ่งแวดล้อมอย่างยั่งยืน โดยการขนส่งสินค้าและคนโดยทางรถไฟ ทั้งภายในประเทศอนุภูมิภาคลุ่มแม่น้ำโขง (GMS) และประเทศอื่น ๆ โดยสมาชิกเริ่มแรกของ GMRA ประกอบด้วยรัฐบาลของประเทศ GMS ขณะที่แหล่งที่มาของเงินทุนจะมาจากประเทศสมาชิก GMRA ไม่เกิน 2 ปี หลังจากการจัดตั้ง GMRA การให้ความช่วยเหลือที่เป็นตัวเงินและความช่วยเหลือรูปแบบของสิ่งของและการบริการจะได้รับการเห็นชอบโดยประเทศสมาชิก
ทั้งนี้ เพื่อให้วัตถุประสงค์ตรงกับการปฏิบัติงาน GMRA จะมีสถานภาพเป็นองค์การระหว่างประเทศที่ไม่มีผลผูกพันทางกฎหมาย ภายใต้แนวทางของการประชุมระดับรัฐมนตรี 6 ประเทศลุ่มแม่น้ำโขงและการประชุมระดับรัฐมนตรีคมนาคมขนส่งของ GMS ซึ่งคณะกรรมการบริหาร ประกอบด้วยกรรมการบริหาร 7 คน มาจากประเทศสมาชิก 6 ประเทศ ประเทศละ 1 คน และอีก 1 คน มาจากธนาคารพัฒนาเอเชีย (ADB) โดยประเทศสมาชิกแต่ละประเทศจะรับผิดชอบการแต่งตั้งกรรมการของตน ประธานคณะกรรมการบริหารของ GMRA มีวาระการดำรงตำแหน่ง 18 เดือน และหมุนเวียนตามลำดับอักษรชื่อประเทศ
หลังจากการทำหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของ ADB ในช่วงแรกสิ้นสุดลงคณะกรรมการบริหารจะตัดสินใจเลือกสถานที่และโครงสร้างของสำนักงานฝ่ายเลขานุการโดยวิธีการแบบฉันทามติ
ในการแก้ไขปัญหาข้อพิพาท หากมีข้อโต้แย้งเกี่ยวกับการตีความหรือการดำเนินการตามบันทึกความเข้าใจฉบับนี้ โดยเฉพาะการตัดสินใจทางด้านวิชาการโดย GMRA จะต้องตัดสินแบบฉันมิตร โดยใช้การเจรจาและปรึกษาหารือกันโดยคณะกรรมการบริหาร และบันทึกความเข้าใจฉบับนี้อาจทำการแก้ไขเพิ่มเติมและเปลี่ยนแปลงได้โดยตกลงกันเป็นลายลักษณ์อักษรร่วมกันของภาคีทั้งหมด