ทั้งนี้ เนื่องจากที่ผ่านมาพบว่ามีหลายหน่วยงานเข้ามาเกี่ยวข้องและมีปัญหาหลากหลาย โดยปัญหาบางอย่างทำให้มูลค่าลงทุนโครงการสูงขึ้นกว่าหมื่นล้านบาท เช่น ยกระดับโครงสร้างรถไฟฟ้าให้อยู่เหนือสะพานลอย การรื้อย้ายเสาไฟฟ้า ขณะเดียวกันยังมีปัญหาการใช้พื้นที่ของหน่วยงานอื่น อาทิ กทม. ซึ่งกำลังดำเนินโครงการทางลอด บริเวณเดียวกับสถานีรถไฟฟ้าแยกไฟฉายในโครงการรถไฟฟ้าสายสีน้ำเงิน ช่วงหัวลำโพง-บางแค และบางซื่อ-ท่าพระ ทำให้เกิดปัญหาเข้าพื้นที่ไม่ได้ เป็นเหตุให้โครงการล่าช้าแล้ว 28 เดือน คาดว่าอาจล่าช้าถึง 2 ปี หรือ กรณีสถานีสนามไชย ที่ต้องปรับการออกแบบให้เข้ากับภูมิทัศน์สถานที่รอบๆ ก็ทำให้ใช้งบประมาณมากขึ้น
ส่วนนโยบายค่าโดยสารรถไฟฟ้า 20 บาทตลอดสายนั้น คาดว่าจะทำให้รายได้ค่าโดยสารลดลงประมาณ 20-30% จากผลการศึกษาเบื้องต้นพบในปี 2562 จะมีรายได้ค่าโดยสารตามระยะทางที่วันละ 108 ล้าบาท หากเก็บค่าโดยสาร 20 บาท จะมีรายได้ที่วันละ 61 ล้านบาท
ดังนั้น รฟม.จำเป็นต้องหารายได้อื่นมาชดเชยรายได้ที่ลดลง โดยการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ตามแนวเส้นทางรถไฟฟ้าหรืออยู่ใกล้สถานี ซึ่งจะเริ่มนำร่องดำเนินการ 3 โครงการที่อยู่ระหว่างเตรียมการก่อสร้าง คือ 1.โครงการรถไฟฟ้าสายสีเขียว บริเวณบางปิ้ง คาดผลตอบแทนโครงการประมาณ 2 พันล้านบาท
2.โครงการรถไฟฟ้าสายสีชมพู บริเวณมีนบุรี เป็นการออกแบบพื้นที่รองรับการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ตั้งแต่เริ่มโครงการ คาดผลตอบแทนโครงการประมาณ 2 หมื่นล้านบาท คิดเป็นค่าตอบแทนเกือบครึ่งหนึ่งของมูลค่าโครงการที่กว่า 5 หมื่นล้านบาท และ 3.โครงการรถไฟฟ้าสายสีม่วง บริเวณบางใหญ่ ซึ่งสามารถพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ได้ประมาณ 10 ไร่ จากพื้นที่กว่า 100 ไร่ เนื่องจากไม่ได้ออกแบบเผื่อไว้รองรับการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์ คาดผลตอบโครงการประมาณ 1 พันล้านบาท
"นโยบายค่าโดยสาร 20 บาทตลอดสาย เป็นทุกขลาภ เพราะผู้โดยสารมาก แต่รายได้ลด ขณะที่ต้นทุนการให้บริการเพิ่มขึ้น ทั้งจากการเพิ่มขบวนรถไฟฟ้า ค่าไฟฟ้า และค่าใช้จ่ายด้านบุคคล แต่ปัญหามีทางออกด้วยการนำรายได้จากการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์รอบสถานีรถไฟฟ้ามาเสริม ซึ่งเป็นสูตรสำเร็จของประเทศต่างๆ ทั่วโลกที่ทำแล้วประสบความสำเร็จ โดยการพัฒนาอสังหาริมทรัพย์รอบสถานีรถไฟจะส่วนเพิ่มรายได้เชิงพาณิชย์และรายได้ค่าโดยสาร เนื่องจากประชาชนที่อาศัยกว่า 99% จะใช้รถไฟฟ้า"นายยงสิทธิ์ กล่าว
ทั้งนี้ รูปแบบการดำเนินงาน รฟม.จะตั้งบริษัทลูกร่วมกับการเคหะแห่งชาติ ขณะนี้อยู่ระหว่างการศึกษาและจัดทำแผนธุรกิจของบริษัทดังกล่าว คาดว่าจะจัดตั้งแล้วเสร็จภายในปีนี้ ส่วนเงินทุนที่จะนำมาพัฒนาอสังหาริมทรัพย์นั้น อาจมาจากกองทุนอสังหาริมทรัพย์ หรือกู้เงิน และอนาคตคาดว่าจะนำเข้าจดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์
ด้านนายชัชชาติ สิทธิพันธุ์ รมว.คมนาคม กล่าวว่า เห็นด้วยที่จะให้มีคณะกรรมการกลางระดับชาติ และหากนายกรัฐมนตรีเป็นประธานคณะกรรมการชุดนี้ได้ยิ่งดี เพราะการประสานงานระหว่างหน่วยงานรัฐที่เกี่ยวข้องควรเป็นไปได้ด้วยดี เห็นว่าต้องหารูปแบบเพื่อไม่ให้มีความขัดแย้งกัน
นอกจากนี้ กำชับให้ รฟม. ปรับแบบโครงการรถไฟฟ้าที่อยู่ระหว่างดำเนินการและโครงการอนาคตให้มีจุดเชื่อมต่อกับระบบการขนส่งอื่น เช่น รถเมล์ รถตู้ เป็นต้น รวมทั้งจุดจอดรับส่งคนขึ้นลงรถไฟฟ้า
รวมทั้งมีแนวคิดใช้ตั๋วร่วมกับระบบขนส่งมวลชน และระบบคมนาคมอื่น ได้แก่ ทางด่วน, รถเมล์, รถไฟฟ้าบีทีเอส, รถไฟฟ้าใต้ดิน โดยคาดว่าปลายปีนี้อาจนำร่องการใช้ตั๋วร่วมสำหรับหน่วยงานกระทรวงคมนาคมก่อน