สำนักข่าวเกียวโดรายงานว่า กระทรวงขนส่งของญี่ปุ่นเปิดเผยว่า ข้อมูลจากการสนทนาระหว่างนักบินของเครื่องบินหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่นและหอบังคับการบิน บ่งชี้ว่า เครื่องบินของหน่วยยามฝั่งไม่ได้รับอนุญาตให้เข้าสู่รันเวย์ของท่าอากาศยานฮาเนดะ ก่อนที่จะเกิดเหตุการณ์เฉี่ยวชนกับเครื่องบินของสายการบินเจแปน แอร์ไลน์ (JAL)
อย่างไรก็ดี กัปตันของเครื่องบินหน่วยยามฝั่ง ซึ่งเป็นผู้รอดชีวิตคนเดียวของเครื่องบินลำดังกล่าว แจ้งต่อเจ้าหน้าที่สอบสวนว่า เขาได้รับอนุญาตให้เข้าสู่รันเวย์ ก่อนที่จะเกิดเหตุการณ์เฉี่ยวชนขึ้น
ด้านผู้บริหารของสายการบิน JAL ยืนยันว่าเครื่องบิน JAL ได้รับอนุญาตให้ลงจอดจากหอบังคับการบิน
เหตุการณ์เฉี่ยวชนกันดังกล่าวทำให้เกิดเพลิงลุกท่วมเครื่องบิน JAL แต่ผู้โดยสารทั้ง 367 รายและพนักงาน 12 รายสามารถอพยพออกจากเครื่องบินได้อย่างปลอดภัย
อย่างไรก็ดี เจ้าหน้าที่ 5 จาก 6 รายบนเครื่องบินของหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่น ซึ่งเครื่องบิน JAL เฉี่ยวชนขณะลงจอดที่รันเวย์ ได้เสียชีวิตจากเหตุการณ์ดังกล่าว
ขณะเกิดเหตุ เครื่องบินของหน่วยยามฝั่งญี่ปุ่นกำลังเตรียมบินขึ้นจากท่าอากาศยานฮาเนดะไปยังท่าอากาศยานนิอิกาตะทางตะวันตกของญี่ปุ่นเพื่อมอบสิ่งของบรรเทาทุกข์แก่ผู้ประสบภัยแผ่นดินไหว