เที่ยวบินภายในประเทศกว่า 200 เที่ยว ทั้งขาเข้าและออกจากสนามบินฮาเนดะของกรุงโตเกียวที่มีตารางบินในวันนี้ (5 ม.ค.) ได้ถูกยกเลิก จากผลพวงของเหตุเครื่องบินเฉี่ยวชนระหว่างเครื่องบินโดยสารของสายการบินเจแปน แอร์ไลน์ (JAL) กับเครื่องบินของหน่วยยามชายฝั่งญี่ปุ่นที่สนามบินฮาเนดะเมื่อวันอังคาร (2 ม.ค.)
สถานีโทรทัศน์เอ็นเอชเครายงานว่า สายการบิน JAL ได้ยกเลิกเที่ยวบินภายในประเทศจำนวน 102 เที่ยว, สายการบินออล นิปปอน แอร์เวย์ (ANA) ยกเลิกเที่ยวบินภายในประเทศจำนวน 98 เที่ยว, สายการบินสตาร์ฟลายเออร์ยกเลิกเที่ยวบินภายในประเทศจำนวน 14 เที่ยว และสายการบินสกายมาร์ก แอร์ไลน์ยกเลิกเที่ยวบินภายในประเทศจำนวน 1 เที่ยว
บรรดาสายการบินต่าง ๆ ระบุตรงกันว่า อาจต้องปรับเปลี่ยนตารางบินเพิ่มเติม โดยแนะนำให้ผู้โดยสารคอยติดตามข้อมูลเที่ยวบินล่าสุด
เอ็นเอชเครายงานว่า การให้บริการเที่ยวบินในญี่ปุ่นมีแนวโน้มจะติดขัดต่อไปจนกว่าจะเก็บกวาดเศษชิ้นส่วนเครื่องบินออกจากรันเวย์สนามบินฮาเนดะจนหมดและตรวจสอบความปลอดภัยเสร็จเรียบร้อย โดยลูกเรือของ JAL ที่สนามบินฮาเนดะได้เริ่มเก็บกวาดเศษชิ้นส่วนเครื่องบินของ JAL ที่ถูกเพลิงเผาผลาญแล้วในวันนี้ โดย JAL ตั้งเป้าว่าจะเก็บกวาดเศษชิ้นส่วนทั้งหมดให้เสร็จสิ้นภายในวันอาทิตย์ที่ 7 ม.ค.นี้ ก่อนนำไปเก็บที่โรงเก็บเครื่องบินเพื่อให้กรมตำรวจนครบาลโตเกียวตรวจสอบต่อไป
ขณะที่ สำนักข่าวทีบีเอสรายงานว่า เจ้าหน้าที่ได้ย้ายเครื่องบินของหน่วยยามชายฝั่งญี่ปุ่นออกจากจุดเกิดเหตุเมื่อวันพฤหัสบดี (4 ม.ค.)