ทั้งนี้ การดำเนินการเกี่ยวกับภาระหนี้กองทุนฟื้นฟูฯ ไม่ใช่เป็นการโอนหนี้ไปยังธนาคารแห่งประเทศไทย แต่เป็นการออกกฎหมายเพื่อให้ ธปท.เข้ามาบริหารจัดการหนี้ดังกล่าว โดยผู้จัดการหาเงินมาชำระหนี้คือกองทุนฟื้นฟูฯ แต่ ธปท.จะทำหน้าที่หาแหล่งเงินมามาช่วยกองทุนฟื้นฟูฯชำระหนี้เงินต้นและดอกเบี้ย ซึ่งเดิมมีข้อกำหนดว่าเมื่อ ธปท.มีกำไรให้จัดสรร 90% มาชำระหนี้ และมีแหล่งเงินอีกทางคือรายได้จากทุนสำรองบางส่วน
แต่เครื่องมือที่จะเพิ่มเติม คือให้ ธปท.มีอำนาจเรียกเงินจากสถาบันการเงินเพิ่มขึ้น ซึ่งอัตราที่จัดเก็บของ ธปท.เมื่อรวมกับเงินสถาบันคุ้มครองเงินฝากไม่เกิน 1% ของยอดเงินฝาก โดยขณะนี้อยู่ระหว่างหารือกับผู้ว่าการ ธปท.เพื่อกำหนดกระบวนการชำระหนี้เพื่อให้การชำระต้นเงินไม่เร็วเกินไป เพื่อจะได้ไม่ต้องเร่งรัดการจัดเก็บค่าธรรมเนียมจากธนาคารพาณิชย์ในอัตราสูง ดังนั้น อาจจะต้องใช้เวลาทยอยชำระคืนหนี้เงินต้น 25 ปี ในขณะที่ธนาคารพาณิชย์เองก็มีกำไรเพิ่มจากการที่รัฐบาลลดภาษีเงินได้นิติบุคลเหลือ 23% อยู่แล้ว
อย่างไรก็ตาม ยอมรับว่าแนวทางการให้ ธปท.จัดเก็บค่าธรรมเนียมจากธนาคารพาณิชย์เพิ่มขึ้นจากการส่งเงินสมทบสถาบันคุ้มครองเงินฝาก อาจกระทบต่อกำไรของระบบธนาคารพาณิชย์ 9-10% จากกำไรของทั้งระบบปีละ 150,000 ล้านบาท ดังนั้น ธนาคารพาณิชย์คงต้องบริหารจัดการต้นทุน มีการลดค่าใช้จ่าย ขยายฐานเพื่อให้ธุรกิจกว้างขึ้น แต่การดำเนินการจัดการหนี้กองทุนฟื้นฟูฯจะเป็นการสร้างความเชื่อมั่นให้ประเทศว่าต่อไปจะมีกระบวนการชำระหนี้ชัดเจน ไม่เป็นภาระงบประมาณ และระบบธนาคารพาณิชย์จะเป็นระบบที่แข็งแรงเพราะเมื่อมีปัญหารัฐบาลก็มีกระบวนการเรียกเก็บเพื่อมาใช้แก้ปัญหาได้
"มีข้อกังวลว่าคนจะมาแบกรับภาระคือลูกหนี้ผู้ฝากเงิน ซึ่งต้องชี้แจงว่าถ้ารัฐบาลไม่ทำอะไร ทิ้งไว้เหมือนเดิมชาวบ้านรับเละอยู่แล้วโดยตรงปีละ 65,000 ล้านบาท จากภาษีและเก็บจากทุกคนไม่ว่าจะเป็นชาวนา ชาวไร่ วินมอเตอร์ไซด์ ฝากเงินแบงก์หรือไม่ กู้เงินแบงก์หรือไม่ ถามว่าเป็นธรรมหรือไม่ แต่หากเราจัดกระบวนการให้ผู้ได้รับประโยชน์โดยตรงจากระบบสถาบันการเงิน ก็อาจทำให้แบงก์พยายามผลักภาระให้ผู้ฝาก ผู้กู้ บ้าง หรือถ้าดำเนินการให้แยบยลให้เกิดการแข่งขันเต็มที่ระหว่างธนาคารรัฐกับธนาคารพาณิชย์ การแข่งขันตลาดทุนกับธนาคารพาณิชย์ หรือเปิดการแข่งขันจากต่างประเทศโอกาสที่แบงก์ผลักภาระให้ประชาชนก็เกิดไม่มาก" นายธีระชัย กล่าว
รมว.คลัง กล่าวยืนยันว่า การดำเนินการดังกล่าวจะยึดหลักไม่เสียวินัยการเงินการคลัง ไม่เป็นภาระงบประมาณ และไม่แตะทุนสำรองเงินตรา พร้อมย้ำว่าไม่ได้มีความขัดแย้งกับ นายกิตติรัตน์ ณ ระนอง รองนายกรัฐมนตรีและรมว.พาณิชย์ ซึ่งได้มีการทำงานร่วมกันใกล้ชิดใช้วิธีระดมสมอง ปรึกษาหารือกัน ไม่เฉพาะสองคน แต่หารือกับนักวิชาการให้ครบถ้วนหลายครั้งเพื่อให้มีทางออกที่ดีที่สุด