ขณะที่กระทรวงการต่างประเทศขอแจ้งว่า ไทยรู้สึกผิดหวังอย่างยิ่งต่อการตัดสินใจออกประกาศเตือนดังกล่าว ซึ่งสะท้อนว่า EU มิได้ตระหนักถึงความมุ่งมั่นและความก้าวหน้าที่เป็นรูปธรรมของไทยในการแก้ปัญหา IUU รวมถึงความร่วมมือระหว่างไทยกับ EU ในการต่อต้านการประมง IUU ที่มีมายาวนาน
ไทยเรียกร้องให้ EU พิจารณาการดำเนินการของไทยในเชิงเทคนิคตามหลักเกณฑ์และมาตรฐานที่มีความโปร่งใสและเที่ยงตรง อย่างไม่เลือกปฏิบัติและสอดคล้องกับสถานการณ์ที่แท้จริงในไทย ไทยจะสานต่อความร่วมมือกับ EU เพื่อให้ไทยออกจากกลุ่มที่ถูกประกาศเตือน รวมทั้งสามารถแก้ไขและป้องกันการทำประมงแบบ IUU ต่อไปในอนาคตได้อย่างยั่งยืน
รัฐบาลไทยตระหนักถึงความสำคัญในการรักษาทรัพยากรทางทะเล และกำหนดให้การแก้ไขปัญหาการประมงแบบ IUU เป็นปัญหาสำคัญระดับชาติที่ต้องแก้ไขโดยความร่วมมือของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ทั้งนี้ กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ในฐานะหน่วยงานหลักได้เป็นผู้นำในการบูรณาการกับหน่วยงานภาครัฐ และเอกชนที่เกี่ยวข้องเพื่อเร่งดำเนินการตามแผนงานหลัก 6 แผนงานให้เกิดผลเป็นรูปธรรมอย่างต่อเนื่อง ได้แก่
(1) การปรับปรุงพระราชบัญญัติการประมงและกฎหมายลำดับรอง (2) การจัดทำแผนระดับชาติในการป้องกัน ยับยั้ง และขจัดการทำประมง IUU (3) การเร่งจดทะเบียนเรือประมงและออกใบอนุญาตทำการประมง (4) การพัฒนาระบบควบคุมและเฝ้าระวังการทำประมง โดยเฉพาะการควบคุมการเข้าออกท่าของเรือประมง (5) การจัดทำระบบติดตามตำแหน่งเรือ (Vessel Monitoring System - VMS) และ (6) การปรับปรุงระบบการตรวจสอบย้อนกลับ (Traceability)
ที่ผ่านมา รัฐบาลไทยให้ความสำคัญเป็นอย่างยิ่งกับการแก้ไขปัญหาเรื่องนี้ การรักษาทรัพยากรทางทะเลอย่างยั่งยืน และการสร้างสภาพแวดล้อมที่ดีในการทำประมงเป็นวาระสำคัญของรัฐบาลนี้ และรัฐบาลจะยังคงดำเนินการอย่างแข็งขันในการแก้ปัญหาภายใต้การนำของผู้นำระดับสูงต่อไป
ด้าน พล.ต.สรรเสริญ แก้วกำเนิด รองโฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี กล่าวว่า พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรี และหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ(คสช.) รับทราบเรื่องดังกล่าวแล้ว และได้ปรารภในที่ประชุมคณะกรรมการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ (คตช.) เมื่อช่วงเช้าวันนี้ ให้มีการดำเนินการแก้ไขปัญหาที่เกี่ยวข้องกับการปราบปรามการค้ามนุษย์อย่างเต็มที่ และเป็นระบบ ซึ่งต้องยอมรับว่าปัญหาดังกล่าวสะสมมานาน จนเป็นเหตุให้ EU ประกาศยื่นคำขาดดังกล่าว
ทั้งนี้ ที่ผ่านมานายกรัฐมนตรีได้แก้ปัญหาอย่างเป็นระบบ โดยตั้งคณะกรรมการชุดใหญ่ และมีคณะอนุกรรมการย่อยอีก 5 ชุด ที่เกี่ยวข้องกับการแก้ปัญหาการค้ามนุษย์ โดยเฉพาะการแก้ปัญหาแรงงานประมงที่มีการแก้ไขกฎหมายเพิ่มอายุลูกเรือ การจดทะเบียนเรือ และการติดตั้งจีพีเอส ซึ่งได้มีการแก้ไขปัญหาเป็นขั้นตอนมาโดยตลอด และมีการรายงานในเรื่องการปราบปรามการค้ามนุษย์อย่างละเอียด ซึ่งมั่นใจว่าการดำเนินการแก้ไขปัญหาดังกล่าวเป็นการแก้ไขปัญหาที่ถูกต้อง และเดินมาถูกทางแล้ว
ส่วนการแจ้งเตือนดังกล่าวก็เป็นเรื่องที่ทราบมาก่อนหน้านี้ และถ้ามีการประกาศอย่างเป็นทางการจริงก็จะถือว่าพลิกวิกฤติเป็นโอกาส เพื่อให้ทุกภาคส่วนที่เกี่ยวข้องมุ่งมั่น และร่วมกันทำตามแผนการแก้ปัญหาอย่างเป็นระบบในเวลา 6 เดือน และจะทำให้ทุกส่วนได้รู้ว่าเรื่องดังกล่าวไม่ใช่เรื่องที่รัฐบาลกังวลไปเอง แต่เกิดขึ้นจริง จึงต้องช่วยกันให้ผ่านจุดนี้ไปให้ได้ เพราะถ้าครบกำหนดแล้วก็จะเกิดผลกระทบต่อการส่งออก และเกิดผลเสียต่อประเทศเป็นอย่างมาก
"เรามั่นใจในแผนการแก้ไขปัญหาที่ผ่านมา ซึ่งปลายปีที่แล้วเราได้มีการทำ แต่อยู่ในช่วงกำลังตั้งไข่ จึงยังไม่เป็นระบบ พอมีเจ้าหน้าที่มาตรวจสอบในบางจุดแล้ว แต่คงเก็บข้อมูลที่ยังไม่ตอบโจทย์เขาทั้งหมด จึงมีการประกาศออกมาแบบนี้ แต่หลังจากที่มีการตั้งคณะกรรมการ มีการตรวจสอบ เราก็มั่นใจว่าเราเดินมาถูกทาง หลังจากนี้ก็ขอให้ทุกคนตระหนักและร่วมมือกัน"พล.ต.สรรเสริญ กล่าว
พร้อมระบุว่า ที่ผ่านมาได้รับความร่วมมือจากทุกภาคส่วนเป็นอย่างดี แต่ต้องยอมรับว่าเรือประมงมีจำนวนมาก การจดทะเบียนจึงไม่สามารถทำเสร็จภายใน 1-5 วัน ประกอบกับต้องมีการตรวจสอบจากเจ้าหน้าที่ จึงต้องใช้เวลา ส่วนจะมีการใช้คำสั่ง คสช. ตามมาตรา 44 ดำเนินการในเรื่องนี้หรือไม่นั้น ขณะนี้ยังไม่มีการพูดถึง เพราะเรื่องนี้มีระบบของมันอยู่แล้ว ไม่จำเป็นต้องปลดล็อกเรื่องใดเป็นพิเศษ แต่หากมีบางประเด็นที่ถูกหยิบยกขึ้นมาใหม่ แล้วไม่สามารถแก้ไขปัญหาได้ตามเวลาที่กำหนด นายกรัฐมนตรีก็พร้อมใช้มาตรา 44 ที่จะปลดล็อกในเรื่องดังกล่าว หากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องเสนอมา