การพิจารณาจัดสรรเงินกองทุนในแต่ละปีงบประมาณ จะต้องผ่านการพิจารณาจากคณะอนุกรรมการกลั่นกรองงบประมาณของกองทุนฯ ซึ่งประกอบด้วยผู้แทนจากหน่วยงานต่างๆ ได้แก่ สำนักงบประมาณ กระทรวงการคลัง สำนักงานคณะกรรมการพัฒนาการเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และผู้ทรงคุณวุฒิจากภายนอก เป็นต้น และจะต้องนำเสนอคณะกรรมการกองทุนฯ พิจารณาอีกครั้ง ซึ่งในคณะกรรมการฯ มีรองนายกรัฐมนตรีที่ได้รับมอบหมายเป็นประธาน กรรมการจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และองค์กรสาธารณะ รวมทั้งผู้ทรงคุณวุฒิ เพื่อให้การพิจารณาโครงการเป็นไปอย่างรอบคอบและคุ้มค่า และหลังจากที่คณะกรรมการกองทุนฯ ได้อนุมัติจัดสรรเงินกองทุนฯ ให้หน่วยงานไปดำเนินโครงการต่างๆ จะมีคณะอนุกรรมการติดตามประเมินผลการดำเนินงาน และติดตามตรวจสอบการใช้เงินอย่างใกล้ชิด
โดยในปีงบประมาณ 2558 กองทุนฯ ได้มีการจัดสรรงบประมาณเป็นจำนวนเงิน 11,875 ล้านบาท 162 โครงการ จำแนกเป็น 1) แผนเพิ่มประสิทธิภาพการใช้พลังงาน จำนวน 7,132 ล้านบาท 2)แผนพลังงานทดแทน จำนวน 4,532 ล้านบาท 3)แผนบริหารทางกลยุทธ์ จำนวน 211 ล้านบาท โดยผลที่จะได้รับจากการดำเนินโครงการฯ ในปี 2558 จะช่วยลดการใช้พลังงานลงได้ คิดเป็นมูลค่าประมาณ 10,290 ล้านบาท/ปี โดยยังคงกำกับดูแลการใช้พลังงานในอาคารภาครัฐกว่า 10,000 หน่วยงาน การใช้พลังงานในภาคเอกชนที่เป็นอาคารควบคุม 2,250 แห่ง และโรงงานควบคุม 5,500 แห่ง โดยเพิ่มความเข้มข้นขึ้นด้วยการมีมาตรฐานการใช้พลังงานมากำกับ และเพิ่มการช่วยเหลือเอสเอ็มอีให้มากขึ้นเพื่อลดต้นทุนรายจ่ายด้านพลังงาน เป็นต้น
สำหรับในปีงบประมาณ 2559 กองทุนฯ ได้มีการจัดสรรงบประมาณเป็นจำนวน 10,152 ล้านบาท 149 โครงการ จำแนกเป็น 1) แผนเพิ่มประสิทธิภาพการใช้พลังงาน จำนวน 8,146 ล้านบาท 2) แผนพลังงานทดแทน จำนวน 1,855 ล้านบาท และ 3) แผนบริหารกลยุทธ์ จำนวน 151 ล้านบาท โดยใช้หลักเกณฑ์ในการพิจารณาตามแนวทางปี 2558 คือ สอดคล้องตามวัตถุประสงค์การใช้จ่ายเงินกองทุนฯ และแผนยุทธศาสตร์การอนุรักษ์พลังงาน แผนพัฒนาพลังงานทดแทน โดยผลที่จะได้รับจากการดำเนินการตามแผนฯ ในปี 2559 จะช่วยลดการใช้พลังงานลงได้รวม คิดเป็นมูลค่าประมาณ 13,351 ล้านบาท/ปี
อีกทั้งจะเป็นการช่วยลดต้นทุนการผลิตและยกระดับการแข่งขันให้กับผู้ประกอบการรายย่อย ,เอสเอ็มอี ยังช่วยกระตุ้นเศรษฐกิจของประเทศอีกด้วย โดยเป็นผลมาจากโครงการสำคัญๆ เช่น โครงการเงินหมุนเวียน เพื่อการอนุรักษ์พลังงาน (Energy Saving Loan) ซึ่งเป็นเครื่องมือทางการเงินพิเศษ เพื่อช่วยเหลือการลงทุนแก่เอสเอ็มอี มีลักษณะเป็นเงินกู้ดอกเบี้ยต่ำ 3.5% (Soft Loan) สำหรับเป็นเงินทุนเปลี่ยนแอร์อินเวอเตอร์ และเปลี่ยนหลอด LED เป็นต้น รวมทั้งมาตรการบังคับ เช่น การกำกับดูแลโรงงาน/อาคารควบคุมตามกฎหมาย ในการจัดทำแผนและเป้าหมายประหยัดพลังงาน อาคารควบคุมในภาครัฐและเอกชน การประหยัดพลังงานเชิง Area Base เช่น อุตสาหกรรมน้ำแข็ง ข้าว อาหาร และอาหารสัตว์
“จากข้อมูลข้างต้น การจัดสรรงบประมาณประจำปีของกองทุนฯ ได้เป็นไปตามขั้นตอนอย่างมีกรอบระเบียบและหลักเกณฑ์อย่างชัดเจน การใช้เงินทุกบาททุกสตางค์ของกองทุนฯ ต้องผ่านการตรวจสอบที่ถูกต้องตามพระราชบัญญัติการส่งเสริมการอนุรักษ์พลังงาน พ.ศ. 2535 สำหรับส่งเสริมและสนับสนุนการอนุรักษ์พลังงานและพลังงานทดแทนเท่านั้น ไม่ได้มีการจัดสรรให้บุคคลใดบุคคลหนึ่ง นำไปใช้กว่า 9,000 ล้านบาท ซึ่งมีเพียงการนำเงินกองทุนฯ จำนวน 8,529.56 ล้านบาท ส่งให้กระทรวงการคลัง สนับสนุนการขับเคลื่อนยุทธศาสตร์ในการพัฒนาประเทศ ซึ่งรวมกองทุนฯ ที่มีการส่งคืนกระทรวงการคลังรวม 30 กองทุน และขอยืนยันอีกครั้งว่าการจัดการเงินกองทุนฯ บริหารอย่างโปร่งใส เป็นมืออาชีพ"นายทวารัฐ กล่าว