สำหรับการเปิดตลาดสินค้าเกษตร ผลการเจรจาในเชิงรุก ทางชิลีได้ตกลงที่จะเปิดตลาดให้แก่ไทย โดยยกเลิกภาษีสินค้าส่วนใหญ่ให้เป็น 0% ทันทีในปีแรกของความตกลงฯ ซึ่งส่งผลให้ไทยจะได้เปรียบประเทศคู่แข่งอื่นๆ ที่ไม่ได้ทำ FTA กับชิลี โดยสินค้าเกษตรส่งออกสำคัญของไทยที่จะได้ประโยชน์จากการลดภาษี ได้แก่ ทูน่ากระป๋อง สับปะรดกระป๋อง น้ำสับปะรด อาหารปรุงแต่ง แป้งมันสำปะหลัง อาหารสุนัขสัตว์เลี้ยง นอกจากนี้ ในสินค้าส่งออกสำคัญ เช่น ข้าว ชิลีก็ได้เปิดตลาดให้เป็นพิเศษด้วย ซึ่งชิลีได้ตกลงที่จะทยอยลดภาษีข้าวจนเหลือ 0% ในปีที่ 5 ซึ่งถือว่าเป็นการเปิดตลาดข้าวที่ดีที่สุดเมื่อเปรียบเทียบกับคู่เจรจาอื่นของชิลี ดังเช่น ในความตกลง FTA ชิลี-มาเลเซีย ชิลีก็ไม่ลดภาษีข้าวให้แก่มาเลเซีย และในกรอบ FTA ชิลี-เวียดนาม ชิลีก็ทยอยลดภาษีจนเหลือ 0% ในปีที่ 10 เป็นต้น
สำหรับผลการเจรจาในเชิงรับ ฝ่ายชิลีได้ให้ความสำคัญเป็นพิเศษกับสินค้าที่เป็นสัญลักษณ์ของประเทศตนเอง เช่น องุ่น และไวน์ ในขณะที่ไทยได้คำนึงประเด็นความอ่อนไหวต่างๆ กล่าวคือ ผลกระทบจากการเปิดตลาดให้แก่ชิลีโดยตรง เช่น กรณีองุ่น และสินค้าประมง และผลกระทบทางอ้อมต่อพันธกรณี FTA ที่มีอยู่แล้วของไทย เช่นกรณีขององุ่น ส้มแมนดาริน และชีส ซึ่งอาจจะส่งผลต่อการทบทวนการเปิดตลาดภายใต้ FTA ไทย - ออสเตรเลีย และไทย - นิวซีแลนด์ ฯลฯ รวมทั้งผลกระทบที่อาจจะก่อให้เกิดภาระในการดำเนินการในประเทศของไทยเอง เช่น กรณีสินค้าที่มีโควตาภาษี ซึ่งแต่ละสินค้าจะมีคณะกรรมการกำกับดูแลอยู่
ดังนั้น ในกลุ่มสินค้าประมง อันเป็นสินค้าซึ่งภาษีของไทยในปัจจุบันคือ 5% และมีข้อกังวลจากผู้ที่เกี่ยวข้องว่าควรจะให้คงอัตราภาษีนี้ไว้ในนานที่สุดเพื่อการปรับตัว จึงได้กำหนดให้บรรจุสินค้ากลุ่มนี้สามารถคงภาษีเดิมไว้เป็นระยะเวลา 8 ปี และจะลดเหลือ 0% ทันที ในปี 2563 เพื่อให้เกษตรกรและผู้ประกอบการมีเวลาปรับตัวภายใต้ฐานภาษีเดิม ซึ่งถือได้ว่าเป็นการบรรเทาผลกระทบตั้งแต่ในขั้นของการเจรจา และสำหรับสินค้าที่มีโควตาภาษี 23 รายการ (เช่น นมผง กระเทียม หอมหัวใหญ่ ปาล์มน้ำมัน เป็นต้น) ซึ่งไทยมีมาตรการโควตาภาษีปกป้องอยู่ตามสิทธิ์ภายใต้ WTO นั้น แม้ว่าโดยข้อเท็จจริงแล้ว ไทยจะไม่ได้นำเข้าสินค้ากลุ่มนี้จากชิลีมากนัก แต่ก็ได้นำกลุ่มสินค้านี้ไปลดภาษีเฉพาะอัตราภาษีในโควตาเท่านั้น แต่ยังคงอัตราภาษีนอกโควตา/ปริมาณโควตาไว้ตามที่ผูกพันภายใต้ WTO ในลักษณะเดียวกันกับกรอบ FTA ที่ผ่านมา
"จะเห็นได้ว่าผลการเจรจาในส่วนการเปิดตลาดการค้าสินค้าเกษตรภายใต้ FTA ไทย - ชิลีนั้นได้ครอบคลุมทั้งการเพิ่มโอกาสของสินค้าเกษตรส่งออกของไทย และการชะลอผลกระทบที่อาจจะเกิดขึ้นจากการเจรจา ซึ่งการกำหนดท่าทีเจรจาดังกล่าวได้รับฟังความเห็นจากหน่วยงาน ภาคเอกชน และสมาคม/สหกรณ์การเกษตรที่เกี่ยวข้องด้วยแล้ว นับเป็นการดำเนินงานโดยเน้นกระบวนการทำงานมากกว่ามุ่งเน้นผลลัพธ์ของการเจรจา ตามเจตนารมณ์ของมาตรา 190 รัฐธรรมนูญ" นายอภิชาติ กล่าว
ทั้งนี้ ในปี 2555 การค้าสินค้าเกษตร (ไม่รวมยางพารา) มีมูลค่าการค้ารวม 5,373 ล้านบาท โดยมีมูลค่าการส่งออกสินค้าเกษตร 1,493 ล้านบาท โดยสินค้าสำคัญคือ กลุ่มอาหารแปรรูป (1,162 ล้านบาท) และมูลค่านำเข้าสินค้าเกษตร 3,879 ล้านบาท มีสินค้าสำคัญคือ กลุ่มประมง (3,110 ล้านบาท) ซึ่งกว่าร้อยละ 80 เป็นการนำเข้าวัตถุดิบเพื่อนำมาแปรรูป