สำหรับแผนการดำเนินงานดังกล่าว สศก. ได้มีการจัดประชุมสัมมนากลุ่มย่อย (Focus Group) 15 จังหวัด ได้แก่ นครสวรรค์ สุพรรณบุรี นครราชสีมา สุรินทร์ ศรีสะเกษ อุบลราชธานี อุดรธานี บึงกาฬ สระแก้ว เพชรบูรณ์ กาญจนบุรี ระยอง ตราด ชุมพร และสงขลา ระหว่างเดือนมิถุนายน – สิงหาคม 2558 เพื่อรับฟังข้อคิดเห็น อย่างไรก็ตาม พบประเด็นปัญหาที่น่าสนใจในโซ่อุปทานสินค้าเกษตรข้างต้นในแต่ละสินค้า
ดังนี้ ข้าว พบว่า โซ่อุปทานข้าวทั่วไป หลังสิ้นสุดโครงการรับจำนำข้าว ความต้องการเมล็ดพันธุ์ลดลงมาก ทำให้เมล็ดพันธุ์ค้างสต็อก เกษตรกรนิยมเก็บเมล็ดพันธุ์เองเพื่อลดต้นทุน ทำให้เกิดปัญหาข้าวพันธุ์อื่นปนในข้าวหอมมะลิตั้งแต่ระดับต้นน้ำ ลูกค้าต่างประเทศบางรายจึงให้ตรวจ DNA ข้าวเพื่อรับรองคุณภาพสินค้าซึ่งเป็นภาระที่เพิ่มขึ้น สำหรับโซ่อุปทานข้าวคุณภาพ ลูกค้าต่างประเทศมีความต้องการข้าวคุณภาพจำนวนมาก แต่มีผลผลิตไม่เพียงพอ เนื่องจากเกษตรกรไม่สามารถเจาะกลุ่มลูกค้ารักสุขภาพได้ ต้องกลับไปขายให้กับโรงสีเดิม ราคาเท่าเดิม และล้มเลิกการผลิตข้าวคุณภาพในที่สุด ดังนั้น จึงควรส่งเสริมให้โซ่อุปทานข้าวคุณภาพเข้มแข็งโดยเฉพาะเรื่องการตลาด
มันสำปะหลัง พบปัญหารถติดคิวและราคาสินค้าตกต่ำในฤดูกาลเก็บเกี่ยวผลผลิต ทำให้บางจังหวัดเสนอแนวทางแก้ไข ได้แก่ การชะลอการขุด (Stock on Farm) แปรรูปแล้วสต็อกในโรงงาน แป้งมันสำปะหลัง หรือดำเนินการทั้งสองทางเลือกควบคู่กัน ปัญหาวิ่งรถเที่ยวเปล่า (Backhauling) ซึ่งเกิดขึ้นจากรถบรรทุกขึ้นทะเบียนขนส่งสินค้าเกษตร ทำให้ขากลับไม่สามารถรับสินค้าอื่นกลับได้ ปัญหาการขนส่งสินค้าทางรถไฟซึ่งมีหัวรถจักรและแคร่ไม่เพียงพอ แต่อย่างไรก็ตาม 2 ปีที่ผ่านมามีการขนส่งสินค้าไปกับขบวนรถโดยสารได้ซึ่งมีปริมาณขั้นต่ำลดลง ทำให้การขนส่งสินค้ายืดหยุ่นมากขึ้น
ยางพารา แม้ภาครัฐจะสนับสนุนใช้การขนส่งสินค้าทางราง แต่รถไฟไทยยังไม่ได้รับการปรับปรุงเท่าที่ควร ทำให้ 2-3 ปีที่ผ่านมาไม่มีการขนส่งสินค้าทางรถไฟโดยตรงจากประเทศไทยไปมาเลเซียผ่านด่านปาดังเบซาร์ ลูกค้าจึงใช้วิธีการจ้างรถหัวลากเพื่อลากตู้คอนเทนเนอร์จากโรงงานไปขึ้นรถไฟฝั่งมาเลเซียแล้วส่งต่อไปท่าเรือปีนัง แต่เกิดปัญหารถหัวลากไม่เพียงพอ นอกจากนี้ ในภาคตะวันออกซึ่งเป็นพื้นที่ปลูกยางพาราเดิม มีเฉพาะตลาดกลางยางพาราภาคตะวันออกขององค์การบริหารส่วนจังหวัดระยอง แต่กระบวนการดำเนินงานยังมีข้อจำกัด
ทุเรียน พบว่าล้งรับผิดชอบต้นทุนโลจิสติกส์เป็นส่วนใหญ่ เนื่องจากมาเก็บเกี่ยวและรับซื้อถึงสวน แต่การเก็บเกี่ยวทุเรียนอ่อนยังเป็นปัญหาโลจิสติกส์ที่ต้องปรับปรุง และ หน่อไม้ฝรั่ง ทางผู้ประกอบการจะส่งรถห้องเย็นมารับซื้อสินค้าถึงจุดรวบรวมของสถาบันเกษตรกร แต่เนื่องจากปัญหาโรคระบาดและพันธุ์หน่อไม้ฝรั่งไม่เพียงพอ ทำให้ปริมาณสินค้าที่ผลิตได้ลดลงมาก ต้นทุนโลจิสติกส์ของผู้ประกอบการเพิ่มขึ้นจาก 1 บาท/กิโลกรัม เป็น 10 บาท/กิโลกรัม