สำหรับโครงการรถไฟทางคู่ ช่วงประจวบคีรีขันธ์-ชุมพร ระยะทาง 167 กม. วงเงิน 17,290.63 ล้านบาทนั้น ทาง สศช.มีข้อสงสัยกรณีที่นำเสนอเพียงช่วงเดียว เนื่องจากโครงการตลอดสายมีอีก 2 ช่วง คือ ทางคู่ช่วงนครปฐม-หัวหิน ระยะทาง 165 กม. วงเงิน 20,036.53 ล้านบาท และ ช่วงหัวหิน-ประจวบคีรีขันธ์ ระยะทาง 90 กม. ซึ่งมีกำหนดก่อสร้างแล้วเสร็จในปี 62 ดังนั้น รฟท.จึงควรนำเสนอพร้อมกันทั้ง 3 ช่วง
อย่างไรก็ตาม เรื่องนี้กระทรวงคมนาคมได้ชี้แจงทาง สศช.ว่าช่วงนครปฐม-หัวหิน อยู่ระหว่างการเสนอรายงานผลกระทบสิ่งแวดล้อม(EIA) ส่วนช่วงหัวหิน-ประจวบคีรีขันธ์ยังการจัดทำรายละเอียด หากรอเสนอพร้อมกันจะยิ่งทำให้งานล่าช้า ทั้งนี้ ได้สั่งการให้ ร.ฟ.ท.เร่งส่งรายละเอียดเพิ่มเติม พร้อมกับตารางเวลาการทำงาน รายงานมายังกระทรวงคมนาคมในวันที่ 29 ม.ค.เพื่อเร่งเสนอเข้าที่ประชุมคณะกรรมการ สศช.ในวันที่ 3 ก.พ.นี้
นอกจากนี้ ที่ประชุมยังได้หารือถึงการเสนอขออนุมัติโครงการรถไฟเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ(แอร์พอร์ต เรล ลิงก์) ส่วนต่อขยาย ระยะที่ 1 ช่วงพญาไท-บางซื่อ และ โครงการระบบรถไฟชานเมืองสายสีแดงอ่อน ช่วงบางซื่อ-พญาไท-หัวหมาก และสายสีแดงเข้ม ช่วงบางซื่อ-หัวลำโพง ระยะทาง 25.9 กม. วงเงิน 44,157.76 ล้านบาท เพื่อก่อสร้างไปพร้อมกัน ซึ่งความจำเป็นเนื่องจากทั้ง 2 โครงการจะต้องก่อสร้างในแนวทางรถไฟเดียวกันในโครงสร้างที่เป็นคลองแห้ง
ส่วนแอร์พอร์ตลิงก์ ช่วงบางซื่อ-ดอนเมือง ยังมีประเด็นการใช้ทางร่วมกันกับรถไฟไทย-จีน และรถไฟไทย-ญี่ปุ่น เนื่องจากพื้นที่เขตทางมีจำกัด โดย ร.ฟ.ท.จะต้องชี้แจงข้อสงสัยต่างๆ ไปยัง สศช. ภายในวันที่ 10 ก.พ.นี้
ด้านนโครงการติดตั้งรั้วสองข้างทางตามแนวเขตทางรถไฟปี 59 วงเงิน 1,900 ล้านบาท ระยะทาง 1,389 กม.นั้น ทางสำนักงบประมาณสงสัยวงเงินสูงขึ้นกว่าปี 58 ประมาณ 40% ซึ่ง ร.ฟ.ท.ได้ชี้แจงว่าไม่สูงกว่าแน่นอน โดยจะเร่งทำรายละเอียดชี้แจงไปยังสำนักงบประมาณเพื่อเสนอ ครม.ต่อไป