กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ โดยกรมการข้าว ศูนย์วิจัยข้าวจังหวัดเชียงราย ได้ผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าวญี่ปุ่นชั้นพันธุ์คัด และชั้นพันธุ์หลัก ซึ่งมีเป้าหมายการผลิตชั้นพันธุ์คัดปีละ 2 ตัน และชั้นพันธุ์หลักปีละ 4 ตัน แหล่งผลิตพันธุ์ข้าวญี่ปุ่นที่สำคัญ ได้แก่ จังหวัดเชียงราย เชียงใหม่ แพร่ และพะเยา โดยส่วนใหญ่จะเป็นการรวมกลุ่มเกษตรกรโดยภาคเอกชน (โรงสี) และได้จัดตั้งชมรม ชื่อ “ชมรมผู้ผลิตข้าวญี่ปุ่นแห่งประเทศไทย" เน้นการซื้อขายทั้งเมล็ดพันธุ์และข้าวญี่ปุ่นแบบเกษตรพันธสัญญา (Contract Farming) มีพื้นที่เพาะปลูกทั้งสิ้นประมาณ 80,000 ไร่ เกษตรกรร่วมโครงการ 6,000 กว่าครัวเรือน
จากการติดตามสถานการณ์ ของ สศก. เมื่อต้นเดือนกุมภาพันธ์ที่ผ่านมา พบว่า ข้าวญี่ปุ่นชั้นพันธุ์ให้ผลผลิตข้าวเปลือกประมาณ 60,000 ตัน (36,000 ตันข้าวสาร) ราคาข้าวเปลือกญี่ปุ่นอยู่ที่ตันละ 9,000 - 12,000 บาท สำหรับเมล็ดพันธุ์หลักราคากิโลกรัมละ 31 บาท ซึ่งในการผลิตเมล็ดพันธุ์ชั้นพันธุ์ขยายต้องใช้เมล็ดพันธุ์หลักไร่ละ 13 กิโลกรัม คิดเป็นต้นทุนค่าพันธุ์ไร่ละ 403 บาท และมีต้นทุนการผลิตรวมเฉลี่ยไร่ละ 4,600 บาท โดยเกษตรกรจะนำพันธุ์ขยายไปขายในราคากิโลกรัมละ 23 บาท ซึ่งให้ผลผลิตนาปีไร่ละ 700-800 กิโลกรัม เฉลี่ยมีรายได้ไร่ละ 17,250 บาท และผลผลิตนาปรังไร่ละ 900-1,000 กิโลกรัม เฉลี่ยมีรายได้ไร่ละ 21,850 บาท โดยสามารถทำรายได้ให้เกษตรกรมากกว่าการขายข้าวทั่วไปถึงเกือบ 2 เท่า
อย่างไรก็ตาม พบปัญหาการผลิตข้าวญี่ปุ่นในประเทศไทยที่สำคัญ ได้แก่ การขาดแคลนเมล็ดพันธุ์คุณภาพดี ต้องปรับปรุงพันธุ์ให้ทนต่อโรคและแมลง มีปัจจัยการผลิตสูง และขาดแคลนแรงงาน ส่วนด้านการตลาดมีข้าวญี่ปุ่นจากต่างประเทศเข้ามาตีตลาดไทยในราคาที่ต่ำกว่า ได้แก่ เวียดนาม สหรัฐอเมริกา และ ออสเตรเลีย ส่งผลกระทบต่อผลผลิตในประเทศ ดังนั้น ควรส่งเสริมกลุ่มเกษตรกรให้ผลิตเมล็ดพันธุ์ข้าวญี่ปุ่นคุณภาพดี มีความบริสุทธิ์ตรงตามพันธุ์ ให้เพียงพอกับความต้องการ ปรับปรุงพันธุ์ข้าวญี่ปุ่นให้มีความเหมาะสมกับสภาพอากาศในประเทศไทย มีความต้านทานโรคและแมลง และมีคุณภาพดีเป็นที่ยอมรับของผู้ประกอบการ ส่งเสริมการผลิต โดยการลดต้นทุนการผลิต มีมาตรฐานในการผลิต คุณภาพผลผลิต โดยภาครัฐร่วมมือกับเอกชนส่งเสริม ผลักดันการปลูกข้าวญี่ปุ่น ในระบบการผลิตแบบเกษตรดีที่เหมาะสม (Good Agricultural Practice : GAP ) ระบบการผลิตแบบอินทรีย์ (Organic) และพัฒนาโรงสีเข้าสู่ระบบ GMP (Good Manufacturing) เพื่อยกระดับข้าวญี่ปุ่นเตรียมรองรับการเปิดประชาคมอาเซียน (AEC)
ประเทศไทยได้เริ่มปรับปรุงพันธุ์ข้าวญี่ปุ่นตั้งแต่ปี 2500 โดยความช่วยเหลือจากองค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติ (Food and Agriculture Organization of the United Nations : FAO) ซึ่งระหว่างปี 2531-2541 ได้ต่อยอดงานวิจัยพัฒนาพันธุ์ จนได้พันธุ์ข้าวญี่ปุ่นเป็นพันธุ์แนะนำ 2 พันธุ์คือ ก.วก.1 (Sasanishiki) ก.วก.2 (Akitakomachi) รวมทั้งมีการพัฒนาเทคโนโลยีการผลิตข้าวญี่ปุ่นในประเทศไทยอีกด้วย